生物信息学 的应用内容资料.ppt

 生物信息学的应用;概念（广义）;概念（狭义）; 生物信息学主要研究两种信息载体 DNA分子 蛋白质分子 ;第一节 生物信息学与基因组学; 1990年，林华安博士发起第一届国际 Bioinformatics学术会议。 1990年10月，被誉为生命科学“阿波罗登月计划”的国际人类基因组计划（HGP）启动。 1995年，美国人类基因组计划第一个五年总结报告中给出生物信息学一个较为完整的定义。 2000年6月26日，美、英、日、德、法、中等六国科学家共同努力，完成人类基因组工作草图，这是人类科学史上又一个里程碑式的事件。 2003年4月14日，国际人类基因组测序组隆重宣布：美、英、日、德、法和中国科学家历经13年共同努力，人类基因组序列图（“完成图”）提前绘制成功。人类迈入“后基因组时代”(Post-genomic Era)。 ;（二）生物信息学的主要研究内容;基因组 数据库 ;2、 数据库搜索及序列比较 ;发现同源分子;3、 基因组序列分析 ;4、基因表达数据的分析与处理;基因芯片;二维电泳图;5、蛋白质结构预测 ;二级结构预测;空间结构预测;（三）生物信息学研究现状与展望 ; 蛋白质研究为生物信息学提供了极为丰富的研究数据，极大地推动了生物信息学的发展。生物信息学在蛋白质的序列分析、结构预测、功能预测、分子设计等方面具有重要应用。;;（二）蛋白质结构预测;;（四）蛋白质分子设计;常用的数据库有： 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Databases） RNA 序列数据库（RNA sequence databases） 蛋白质序列数据库（Protein sequence databases） 结构数据库（Structure Databases） 基因组数据库（Genomics Databases (non-vertebrate)） 代谢酶相关产物（Metabolic and Signaling Pathways） 人类和其他脊椎动物基因组（Human and other Vertebrate Genomes） 人类基因和疾病（Human Genes and Diseases） 芯片和其他基因表达数据库(Microarray Data and other Gene Expression Databases)； 蛋白组资源(Proteomics Resources )； 其他分子生物学数据库(Other Molecular Biology Databases) 细胞器官数据库(Organelle databases)； 植物数据库(Plant databases)； 免疫???数据库(Immunological databases);生物信息学数据库类型 一次数据库：数据直接来源于实验获得的原始数据，仅对原始数据进行简单的归类整理和注释。 如Genbank、EMBL和DDBJ等核酸序列数据库；SWISS-PROT、PIR等蛋白质序列数据库；PDB等蛋白质结构数据库。 二次数据库：针对不同的研究内容和需要在一次数据库、实验数据和理论分析的基础上对相关生物学知识和信息进行进一步分析和整理。 如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等。;图6-2 生物信息学数据库相互关系 ;常用数据库;结 构;一、核酸数据库;1. GenbankGenbank由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立维护，其主页如图6-3所示。;Genbank数据直接来源 测序工作者提交的序列、测序中心提交的大量EST序列、其它测序数据以及与其它数据机构协作交换的数据。 Genbank内容 所有已知的核酸序列和蛋白质序列，还包括对序列的简要描述、科学命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表等辅助信息。 Genbank对数据记录的处理 划分为 细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类， EST数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等16类。;（１）Genbank数据检索;; Entrez 综合生物信息数据库检索系统将核酸序列、蛋白质序列、基因图谱、蛋白质结构等数据库整合在一起。而且可以通过其生物医学文献摘要数据库（MEDLINE），获取序列相关的文献信息。可以利用Entrez cross-database 数据库进行综合信息检索（图6-5）。;美国国