生物信息学 概论第七章蛋白质和RNA结构预测1101教材编辑.pptVIP

第七章 蛋白质和RNA结构预测;面对堆积如山的生物学数据……;蛋白质的功能;重大挑战性问题;蛋白质结构预测 ;7.1 氨基酸;蛋白质是由二十种不同的氨基酸构成的 20种标准氨基酸都是L-氨基酸 特征：L-氨基酸分子中的α碳（分子中第2个碳）结合着一个碱性的氨基和一个酸性的羧基，此外Cα还结合着一个H原子和一个侧链基团（用R表示）。 每一种氨基酸的R都是不同的，侧链上的碳依次是第3、4、5和6位碳。;A.疏水氨基酸（hydrophobic amino acid） B.极性氨基酸（polar amino acid） C.带电氨基酸（charged amino acid）;Company Logo;Company Logo; pH值表示溶液中H+浓度的负对数。 55,000,000个水分子中有一个水分子离解成H+和OH-，与之相对应的浓度是1×10-7M，因此中性溶液的pH=7。 生理条件（pH7附近）下氨基酸呈现兼性离子形式; 和水分子相似，许多氨基酸的侧链也含有可离解的质子。氨基酸的pKa值是一个表示氨基酸释放其可离解质子的相对难易程度的量。 当pH值比氨基酸的pKa值小一个pH单位时，大约会有90%的氨基酸被质子化；当pH值比氨基酸的pKa值小两个pH单位时，大约会有99%的氨基酸被质子化。;;;利用Handerson-Hasselalch公式，可算出在任一pH条件下一种氨基酸的各种离子的比例： [质子受体] pH = pKa + log ------------ [质子供体];蛋白质的等电点是指当这种蛋白质在溶液中的静电荷为零时溶液的pH值。蛋白质的等电点可以反映组成这种蛋白质的氨基酸的总体信息。例如如果蛋白质的pI＞7，我们就可以知道蛋白质中的碱性氨基酸比酸性氨基酸多。;; 几种氨基酸的解离常数和等电点 ;7.2 多肽的组成（一级结构） ;7.2 多肽的组成（一级结构） ;7.3 二级结构 ;二级结构 ;7.3 二级结构的类型;7.3 二级结构的类型;7.3 二级结构的类型;有些蛋白质中含有大量的α螺旋 如血红蛋白和肌红蛋白 而一些蛋白质中则不含或者仅含很少的α 螺旋 如铁氧蛋白 有些蛋白质的二级结构以β折叠为主 如免疫球蛋白 例：肽链Ala(A)-Glu(E)-Leu(L)-Met(M) 倾向于形成α螺旋 肽链Pro(P)-Gly(G)-Tyr(Y)-Ser(S)则不会形成α螺旋 ;7.3.1 骨架柔性 ;旋转角;Company Logo;Company Logo; 每种氨基酸出现在各种二级结构中倾向或者频率是不同的 例如：Glu 主要出现在α螺旋中 Asp 和 Gly 主要分布在转角中 Pro 也常出现在转角中，但是绝不会出现在α螺旋中 所以可以根据每种氨基酸残基形成二级结构的倾向性（Chou-Fasman）或者统计规律（GOR）进行二级结构预测;该方法由 Chou 和 Fasman 在 70年代提出来，是一种基于单个氨基酸残基统计的经验预测方法。通过统计分析，获得的每个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子，进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构. 每个氨基酸都有几个构成参数，P(a),P(b) 和 P(turn), 分别表示相应的氨基酸形成α螺旋、β折叠和β转角的偏向性。另外，每个氨基酸同时也有4个转角参数f(i), f(i+1), f(i+2), f(i+3), 分别对应于这种氨基酸出现在发夹转角第一、第二、第三和第四位的频率。;(1) 寻找所有相邻的6个残基中至少4个残基的 P(a) 100的区域。 (2) 对于 (1) 中发现的每一个区域，从区域两端向外延伸，直至出现 4 个连续残基的P (a) 100为止。 ( 3) 对于(2) 中每个延伸区域计算所有氨基酸的 P(a) 的总和ΣP(a), 并且计算所有氨基酸P(b) 的总和ΣP(b)。假如所得的区域长度 5，并且区域的ΣP(a) ΣP(b)，那么这样的一个区域就被预测为α螺旋。;β折叠的预测规则;（1）对于每个位于i位置上的残基计算它的转角偏向性P(t)。计算方法如下： P(t) = 第i位上的残基的 f(i) 值 × 第 i+1位上的残基的 f(i+1)值 × 第i+2位上的残基的 f(i+2) 值×第 i+3 位上的残基的 f(i+3)值 （2）若一段区域内的氨基酸满足如下条件，就预测这段区域是一个从第i位氨基酸开始的发夹转角。 a. P(t) 0.000075； b. 从第i位到第i+3位的4个残基的P(turn)参