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第四章 基于距离的系统发生分析;4.1 分子系统发生学的历史;4.1 分子系统发生学的历史;4.2 分子系统发生分析的优点;4.3 系统发生树;4.3.1 重建系统发生树的术语;4.3.1 重建系统发生树的术语;4.3.1 重建系统发生树的术语;4.3.2 有根树和无根树;4.3.2 有根树和无根树;4.3.2 有根树和无根树;4.3.3 基因树和物种树;4.3.4 特征和距离数据;4.4 距离矩阵法;;UPGMA 算法先将两个距离最近的物种合成一个复合物种组，如上表所示，假设距离矩阵中的最小值是dAB，所以物种AB首先组合成一组(AB), 类聚以后，需要更新距离矩阵，计算新组( AB ) 和物种C和D之间的距离：d (AB) C = 1/2 ( dAC+dBC),
d(AB)D = 1/2 ( dAD+dBD ) 然后再将新的矩阵中距离最近的物种再次合成一个复合物种组，如此反复，直到把所有物种都聚为一类。; ; ; ;用UPGMA法重建系统发生树;4.4.2 分支长度的估计; ;4.4.2 分支长度的估计;4.4.2 分支长度的估计;4.4.2 分支长度的估计;B;4.4.3 距离变换法;4.4.3 距离变换法;4.4.3 距离变换法;4.4.3 距离变换法;物种;4.4.4 近邻关系法;4.4.4 近邻关系法;4.4.5 邻近归并法;4.5 最大似然法;4.6 多重序列比对;4.6 多重序列比对;本章总结;课堂练习;作业;Thank You !
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