生物学数据 库基础与实践-课件3内容资料.pptxVIP

分子克隆基本流程引物设计PCR扩增酶切质粒载体连接测序序列比对分子克隆基本流程定义构成引物设计PCR扩增酶切质粒载体连接测序序列比对分子克隆基本流程定义构成引物设计PCR扩增不相容性酶切利用同一复制系统的不同质粒不能在同一宿主细胞中共同存在，当两种质粒同时导入同一细胞时, 它们在复制及随后分配到子细胞的过程中彼此竞争。在一些细胞中，一种质粒占优势，而在另一些细胞中另一种质粒却占上风。当细胞生长几代后，占少数的质粒将会丢失，因而在细胞后代中只有两种质粒的一种。质粒载体连接测序序列比对分子克隆基本流程定义构成引物设计PCR扩增不相容性类型酶切质粒载体紧密控制型松弛控制型连接测序序列比对分子克隆基本流程引物设计PCR扩增酶切质粒载体可以识别DNA的特异序列并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。连接测序序列比对分子克隆基本流程引物设计PCR扩增酶切质粒载体连接测序序列比对分子克隆基本流程引物设计PCR扩增酶切质粒载体连接测序序列比对分子克隆基本流程引物设计PCR扩增酶切质粒载体连接测序序列比对课后作业1、从核酸数据库中检索获得一个工业酶的编码基因。2、根据基因序列设计PCR引物。（上下游酶切位点分别采用EcoR I和Not I）序列分析一般分析结构分析比对分析测序结果查看载体序列去除序列拼接序列转换物化性质酶切位点ORF预测剪接位点CpG岛启动子调控序列Blast测序结果查看导入测序文件chromasBioEdit载体序列去除许多数据库收集了常用测序载体的序列，经测序结果与其进行比对，可以发现其是否含有载体序列。在对测序结果进行进一步处理前需要将载体序列去除。NCBI数据库的载体识别程序/tools/vecscreen/http/tools/vecscreen/:///tools/vecscreen/tools/vecscreen// /tools/vecscreen/Vecscreen/tools/vecscreen/Vecscreen/tools/vecscreen/Vecscreen/tools/vecscreen/Vecscreen发现载体序列 序列拼接-DNAMAN测序后的 一个一个的基因片段 ，用DNAMAN软件可直接进行序列连接。或者先将逆向测定序列转换为它的反向互补序列，再和正向序列进行 比较，找到两者的重叠序列，剔除反向互补序列中的重叠部分，将其余的连接带正向序列之后即可得到 拼接序列。常用的拼接软件有DNAMAN，DNASTAR和Contig Express。在线序列拼接服务有CAP3。DNAMANCAP3物化性质-BioEdit确定DNA序列的分子量和碱基组成分子量（molecular weight）单链DNA（single strand DNA，ssDNA）双链DNA（double strand DNA，dsDNA）碱基组成（composition）各种碱基数量各种碱基比例Bioedit 载入序列AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA 原始DNA序列互补序列（complement)TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT反向序列（reverse)AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA反向互补序列（reverse complement)TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTTRNA序列AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGA序列变换DNA－DNA序列之间变换DNA－RNA序列之间变换在本地计算机上利用Nucleotide/Nucleotide2.pptBioEdit工具进行分析打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“Nucleotide/Nucleotide3.pptFile”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列选择Nucleotide/Nucleotide5.ppt被粘贴序列的名称，在“Nucleotide/Nucleotide6.pptSequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complete”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complete”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获得RNA序列在“Nucleotide/Nucleotide9.pptEdit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文