基因表达谱芯片及核酸测序技术在癌症研究中的应用现状-生物信息学.PDF

第 １７卷 第 １期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１７ Ｎｏ．１ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０１９年０３月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍａｒ． ２０１９ － ＤＯＩ：１０．１２１１３／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１８１０００２ 基因表达谱芯片及核酸测序技术在癌症研究中的应用现状 陈永孜 （天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室，天津市肿瘤防治重点实验室，国家肿瘤临床医学研究中心， 天津市恶性肿瘤临床医学研究中心，天津 ３０００６０） 摘　 要：基因表达谱芯片和核酸序列数据在癌症研究中占有很重要的地位。 基因表达谱芯片被广泛的应用在医学研究中，它 的主要优势在于灵敏快速成本低，缺点只能对现有基因进行研究，无法进行新基因发现以及变异等方面的研究；而核酸序列 数据在这方面则具有很大优势。 总体来说，二者在癌症研究中都发挥着巨大的作用。 随着精准医学的不断发展，对这些高通 量数据的深入研究可以有助于人们进一步了解癌症的分子机制，从而加速个体化治疗的进程。 关键词：芯片，高通量测序，癌症，生物信息学 － － － 中图分类号：Ｑ３４３．１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１９）０１ ０１８ ０６ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎｄ ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ：ｃｕｒｒｅｎｔ ｓｔａｔｅ ａｎｄ ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ＣＨＥＮ Ｙｏｎｇｚｉ （Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ＴｉａｎｊｉｎＭｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ａｎｄ Ｈｏｓｐｉｔａｌ，ＴｉａｎｊｉｎＭｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ａｎｄ Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｔｉａｎｊｉｎｓ ＣｌｉｎｉｃａｌＲｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＣｌｉｎｉｃａｌＲｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ，Ｔｉａｎｊｉｎ ３０００６０，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ ａｒｅ ｔｗｏ ｍａｉｎ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｄａｔａ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｌａｔｅｄ ｓｔｕｄｙ． Ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｏｂｖｉｏｕｓ ａｄｖａｎｔａｇｅｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ ａｒｅ ｉｔｓ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ，ｒａｐｉｄ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ ｒｅｌａｔｉｖｅｌｙ ｌｏｗ ｃｏｓｔ． Ｄｕｅ ｔｏ ｔｈｅ ｆａｃｔ ｔｈａｔ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ ｃｏｕｌｄ ｏｎｌｙ ｉｄｅｎｔｉｆｙ ｋｎｏｗｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｓｔｅａｄ ｏｆ ｎｏｖｅｌ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｖａｒｉａｎｔｓ，ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｉｎｖｏｌｖｅｄ ｉｎ ａ ｌｏｔ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｓｔｕｄｉｅｓ． Ｉｎ ｇｅｎｅｒａｌ，ｂｏｔｈ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｄａｔａ ａｒｅ ｃｒｕｃｉａｌ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ． Ａｌｏｎｇ ｗｉｔｈ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｄａｔａ ａｎａｌｙｓｉｓｃａｎ ｈｅｌｐ ｐｅｏｐｌｅ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄ ｔｈｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ａｓｗｅｌｌ ａｓ ｅｘｐｅｄｉｔｅ ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ ｃａｎｃ