黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图的构建-水产养殖专业毕业论文.docxVIP

黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图谱的构建摘要 黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图谱的构建 摘要 黄颡鱼(心疗∞6鳃硪，．膨～幼．口cD鼬chardson)属鲶形目(Sil耐follnes)、鳞科 (Ba鲥dae)、黄颡鱼属(心抛D6qgr淞)，广泛分布于我国长江、黄河、珠江及黑龙 江各水系。近年来已成为我国一些地区的优质养殖鱼类。针对野生黄颡鱼群体遗传 结构、遗传多样性及黄颡鱼遗传连锁图谱等遗传背景的研究对于黄颡鱼种质资源的 保护和利用及最终实现黄颡鱼良种的培育具有重要的基础意义。本研究在黄颡鱼微 卫星标记开发的基础上，对采集于4个水系的12个野生黄颡鱼群体的遗传结构和遗 传多样性进行了分析，并采用AFLP标记和微卫星标记构建了黄颡鱼的第一代遗传 连锁图谱。主要研究结果如下： (1)F队SCO法开发黄颡鱼微卫星引物 物种特异性微卫星标记是对该物种开展各项遗传背景研究的基础。本研究采用 F认SC0法对黄颡鱼微卫星引物进行了开发和筛选，实验中共挑取594个阳性克隆， r，7个克隆送出测序，75个测序成功获得完整序列，其中含有符合要求的微卫星重复．． 序列(二核苷酸重序列复次数大于等于8，三核苷酸序列复次数大于等于6，四核苷 酸序列复次数大于等于6)的克隆序列f54个，占测序克隆总量的70．13％。 54个含有微卫星的序列共设计出43对引物，有20对引物能够稳定地扩增出预 期大小的目的条带，多态性检测显示其中16个位点具有多态性，4个位点在检测群 体中呈单态性。16个多态位点中有lO个位点符合哈温平衡，其余6个位点经 Bonfe∞Dni校正后显著偏离哈温平衡(P值为0．0000至0．0059)。16个多态性位点的 等位基因数为3．11个，平均等位基因数5．4个；期望杂合度(胁)范围为O．6372至 O．8772，平均期望杂合度0．752l；观测杂合度为(舶)范围为0．1250至0．9500，平 均观测杂合度O．5990；多态信息含量(用C)范围为0．3841至0．8809，平均多态信 息含量0．6534。 (2)数据库搜索法筛选黄颡鱼微卫星标记 与物种功能基因相对应或本身就是功能基因一部分的I型标记在鱼类的遗传学 研究尤其是对具有良好经济性状的品种选育种中是非常有效的分子标记，本研究中 利用GenBank公共数据库中搜索到的6条含有微卫星序列的黄颡鱼功能基因序列设 华中农业大学20lO届博士研究生学位论文计出9对引物，有5对引物可以扩增出稳定的目的条带。多态性检测结果显示，有 华中农业大学20lO届博士研究生学位论文 计出9对引物，有5对引物可以扩增出稳定的目的条带。多态性检测结果显示，有 3个位点具有多态性，位点EST01和EST07在检测群体呈单态性。3个微卫星位点 的等位基因数为2_4个j观测杂合度为0．5750．0．9750，期望杂合度范围为 0．4949．0．7516，多态信息含量在0．3693．0．6940之间，除位点EST06符合哈温平衡外， 其余2个位点经B伽如n．0ni校正后均显著偏离哈温平衡(P值分别为O．0000和 O．0062)。3个多态性微卫星标记均为I型微卫星标记。 (3)黄颡鱼野生群体遗传多样性和遗传结构的微卫星分析 ．遗传多样性和遗传结构是一个物种的重要特征，反映一个物种适应环境的能力 和对环境变迁持续进化的潜力，同时也反映了生态适应进化、环境变迁与自然选择 的效应。本研究利用8个微卫星标记对采自4个水系的12个野生黄颡鱼群体(共 460个样本)进行了群体遗传多样性和遗传结构分析，12个黄颡鱼野生群体的期望 杂合度(月B)在0．6222．0．6940之间，观测杂合度(上如)在O．4489—0．9611之间，等 位基因丰度艘在3．2794—4．1543之间，有效等位基因数在3．1-4．4之间，多态信息含 量肘为0．4968．O．6378。12个黄颡鱼遗传多样性普遍处于较高水平，但采自珠江水 系的西江群体XJR的遗传多样性最低，并在位点Pf428显示出单态性。 NJ聚类和UPGMA聚类结果均显示12个群体被分为3支：西江群体为独立的 一支，巢湖群体CHL、黑龙江干流群体HL瓜和洪泽湖群体HZL构成第二支，其余 8个位于长江中下游的黄颡鱼群体组成了第三支，三个分支的划分恰好与各群体所 处水系的位置相同。基于遗传距离DA构建的带有自展值的UP心压A聚类树也显示 出相同的聚类结果。分子方差分析显示总变异的11．69％来自于三个黄颡鱼地理分支 间的变异，6．02％来自于地理组群内群体间变异，而群体内变异占总变异的82．29％， 黄颡鱼三个地理分支间的遗传分化系数为O．1771(P0．001)，遗传分化程度为中度。 群体间遗传距离与地理直线距离的Mantel检测结果显示，12个黄颡鱼群体间的 遗传距离(Nei