枯草芽孢杆菌基因转录调控网络的构建、分析和网络分解-生物化工专业毕业论文.docxVIP

中文摘要各种细胞组分之间互相作用形成了复杂的网络以执行特定的生物功能，这些 中文摘要 各种细胞组分之间互相作用形成了复杂的网络以执行特定的生物功能，这些 网络的结构和功能分析是系统生物学研究的重要内容。高通量技术产生的大量信 息资源使基因水平的生物网络构建和分析成为可能。转录调控网络是细胞调控， 特别是原核生物细胞调控过程的关键生物网络。作为基因水平数据最完全之一的 格兰氏阳性菌，枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)具有复杂而典型的生长机 制。由于其基因转录调控网络的相关研究刚刚起步，分析枯草芽孢杆菌基因转录 调控网络的结构和功能模块等特点都具有重要的意义。 从DBTBS和Prodoric两个数据库整合数据，本文首先构建了枯草芽孢杆菌 的基因转录调控网络。考虑到0因子和转录因子在调控过程中的不同作用，本文 分别分析了两种网络：枯草芽孢杆菌包含0因子的基因转录调控网络和枯草芽孢 杆菌不包含0因子的基因转录调控网络。对于包含0因子的网络，进行了拓扑结 构的分析，计算了出度和入度分布函数，得出枯草芽孢杆菌基因转录调控网络和 其它生物网络一样，是无尺度网络的结论。通过与酵母的调控网络进行比较，发 现它们在结构上具有不同的特点。接着提出了两种网络分解方法，并通过讨论两 种方法的各自特点确定了分解方法中对强连通体和模块共享基因的处理。对于不 包含0因子的网络，进行了连接结构的分析，对网络中的弱连通体、路径长度和 强连通体进行了结构和生物学意义的讨论。接下来，将重点放在网络的最大弱连 通体，提出了一种全新的基于距离的分解方法。将这种方法应用于枯草芽孢杆菌 不包含0因子的基因转录调控网络，得出了32个模块，并对每个模块进行了明 确的生物学功能定义。研究结果表明基于距离的分解方法对于确定转录调控网络 中的生物学功能模块十分有效。 关键词： 基因转录调控网络结构分析网络分解功能模块枯草芽孢杆菌系 统生物学 AB AB STRACT Various cellular components interact with each other forming complex networks to execute specific biological functions．Structural and functional analyses of these networks are key issues in systems biology．The increasingly available data on cellular interactions generated from high-throughput technologies builds solid base for the reconstruction and analysis of biological networks at genome leveL Transcriptional regulatory network(TRN)is a key network in cell regulation,especially in Prokaryote organisms．Bacillus subtilis is the best-characterized Gram-positive bacteria．It represents a paradigm of gene regulation in bacteria due to its complex life style． However,the analysis in the TRN of B．subtilis is just starting up and far fi,om complete，there is a clear need to get biological insights from topology analysis of the network． We first reconstructed TRN of B．subtilis by integrating information from two different databases：DBTBS and Prodoric．Considering the different function of sigITla factors and transcription factor,we analyzed the network in two different ways：one with sigma factors and the other without sigma factors．For the network with sigma fact