高通量测序技术在野生动物食性分析中的应用.pdf

第 ３８卷第 ９ 期 生 态 学 报 Ｖｏｌ．３８，Ｎｏ．９ ２０１８年５月 ＡＣＴＡ ＥＣＯＬＯＧＩＣＡ ＳＩＮＩＣＡ Ｍａｙ，２０１８ ＤＯＩ：１０．５８４６／ ｓｔｘｂ２０１７０６１５１０９２ 刘刚，宁宇，夏晓飞，龚明昊．高通量测序技术在野生动物食性分析中的应用．生态学报，２０１８，３８（９）：３３４７⁃３３５６． Ｌｉｕ Ｇ，Ｎｉｎｇ Ｙ，Ｘｉａ Ｘ Ｆ，Ｇｏｎｇ Ｍ Ｈ．Ｔｈｅ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｔｏ ｗｉｌｄｌｉｆｅ ｄｉｅｔ ａｎａｌｙｓｉｓ．Ａｃｔａ Ｅｃｏｌｏｇｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ，２０１８，３８ （９）：３３４７⁃３３５６． 高通量测序技术在野生动物食性分析中的应用 １，２ １，２ ３ １，２，∗ 刘　 刚 ，宁　 宇 ，夏晓飞 ，龚明昊 １ 中国林业科学研究院湿地研究所，北京　 １０００９１ ２ 湿地生态功能与恢复北京市重点实验室，北京　 １０００９１ ３ 北京自然博物馆，北京　 １０００５０ 摘要：食性研究是动物生态学颇受关注的一个重要内容，而食性分析方法由于受到技术和适用范围的限制，也在不断改进和更 新。 随着高通量测序技术的发展，该技术逐渐扩展到野生动物的食性分析，使食性分析的效率得到极大提升，并拓宽了食性分 析的应用范围。 尽管高通量测序应用于食性分析在数据量、灵敏度和分辨率方面的优势较为明显，但由于涉及到的步骤较多， 受到的影响因素较为复杂，目前高通量测序应用于食性分析还属于研究比较薄弱的领域。 概述了高通量测序技术应用于食性 分析的基本流程，总结了该技术在食物组成分析、种内和种间食性关系、食物与栖息地、行为关系方面的研究动态，分析了ＰＣＲ、 污染和定量分析对该技术应用性的影响，提出了相应的解决对策和建议，并对其应用前景进行了展望。 关键词：高通量测序；粪便ＤＮＡ；食性分析；种内关系；种间关系；觅食行为 Ｔｈｅ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｔｏ ｗｉｌｄｌｉｆｅ ｄｉｅｔ ａｎａｌｙｓｉｓ １，２ １，２ ３ ｇｈａｏ１，２，∗ ＬＩＵ Ｇａｎｇ ，ＮＩＮＧ Ｙｕ ，ＸＩＡ Ｘｉａｏｆｅｉ ，ＧＯＮＧ Ｍｉｎ １Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｗｅｔｌａｎｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００９１，Ｃｈｉｎａ ２Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｗｅｔｌａｎｄ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｔｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００９１，Ｃｈｉｎａ ３Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｍｕｓｅｕｍ ｏｆ Ｎａｔｕｒａｌ Ｈｉｓｔｏｒｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００５０，Ｃｈｉｎａ Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｄｉｅｔ ｒｅｌａｔｅｄ ｓｔｕｄｉｅｓ ａｒｅ ｃｒｉｔｉｃａｌ ｉｎ ａｎｉｍａｌ ｅｃｏｌｏｇｙ，ａｎｄ ｄｉｅｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ｍｅｔｈｏｄｓ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓｌｙ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ａｎｄ ｕｐｄａｔｅｄ ｄｕｅ ｔｏ ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｍｅｔｈｏｄｓ． Ｔｈｅ ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ （ＨＴＳ） ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ ｉｓ ｂｅｉｎｇ ｕｓｅｄ ｔｏ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅ ｔｈｅ ｄｉｅｔｓ ｏｆ ｗｉｌｄｌｉｆｅ． Ｔｈｉｓ ｕｓｅ ｈａｓ ｇｒｅａｔｌｙ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｔｈｅ ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ａｎｄ ｂｒｏａｄｅｎｅｄ ｔｈｅ ｒａｎｇｅ ｏｆ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ｄｉｅｔ ａｎａｌｙｓｉｓ． ＨＴＳ ｈａｓ ｏｂｖｉｏｕｓ ａｄｖａｎｔａｇｅｓ ｏｆ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｄａｔａｓｅｔ ａｎａｌｙｓｉｓ， ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ， ａｎｄ ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ，ｂｕｔ ＨＴＳ⁃ｂａｓｅｄ ｄｉｅｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｓ ｓｔｉｌｌ ａ