面向CADD的基础库MORT的设计和开发-生物学专业毕业论文.docxVIP

面向 C 面向 CADD 的基础库 MORT 的设计和开发 中文摘要 I I PAGE PAGE IV 面向 CADD 的基础库 MORT 的设计和开发 中文摘要 随着计算机辅助药物设计（CADD）和计算生物学的不断发展，国内外涌现 出了大量的研究小组和机构致力于相关软件包和程序的开发，而 AMBER 无疑是 其中最为成功的实例之一。AMBER 由若干功能不同的部分构成，其中 XLEAP 主要用来对分子结构进行操作以及为后续的分子模拟生成所需的坐标文件和参数 文件。然而，XLEAP 虽然采用了面向对象的设计思想，使用的编程语言却是不支 持面向对象编程的 C 语言，导致了其源代码很难被理解及拓展。因此，使用合理 的设计方法开发一个新的类似于 XLEAP 的程序库将会给科学研究者带来极大的 方便，也会为后序的程序开发提供很好的基础。因此，我们开发了面向 CADD 的 C++基础库 MORT（Molecular Object and Relevant Templates）。 在本论文中，我们首先介绍了 MORT 的基本结构，包括数据结构和应用的算 法。通过使用这些数据结构和算法，开发了大量用于处理分子结构和计算能量的 函数。这些函数大致可以分为两种类型，一类是与待处理的对象（原子、残基等） 相关的函数，这些函数用来对这些对象进行包括增加、删除、修改等操作。另一 类函数则用来处理这些对象的各类性质，例如计算能量、生成拓扑文件等等。 MORT 采用了 C++进行编写，使用了关系模型而不是层次模型来存储分子信息， 从而使得该程序库更加易于被理解和拓展。 其次，基于 MORT，我们发展了小分子键型预测算法 Fixbond。在使用基于 分子力场的模拟方法时，键的类型与参数的选择是密切相关的。该算法主要使用 三种规则来进行键型的自动预测，分别为：1.硬规则；2.长度规则；3.共轭规则。 这三个规则的组合使用使得我们的算法在预测键型方面比其他程序具有更高的预 测精度。虽然 Fixbond 在处理若干结构比较古怪的分子键型时还存在一定的问题， 但它已经能够很好地处理有坐标错误的结构。在未来，我们计划在从以下两个方 面对算法进行改进：1.在确定键的连接方面，我们计划设计和使用更好的规则来 中文摘要 面向 CADD 的基础库 MORT 的设计和开发 检测那些本应该相连但是被忽略的键的连接，并且减少过连接的键；2.更精确地 定义键熵，为了达到这个目的，在对大量的数据集进行测试的基础上，对一些参 数或者公式做出相应的修改。 关键词：基础库；C++；MORT；面向对象；键型；分子建模 作 者：张 骞 指导教师：侯廷军 Desi Design and Development of Foundational Library (MORT) for CADD Abstract III III PAGE PAGE IV Design and Development of Foundational Library (MORT) for CADD Abstract With the development of computer-aided drug design (CADD) and computational biology, a variety of programs or software packages have been developed, and AMBER is one of the most famous programs. AMBER is composed of several different parts with corresponding functions, for example, XLEAP can be used to manipulate the structure of a molecule and generate the topology and parameter files for molecular simulations. XLEAP is written in C, but it tried to use the object-oriented programming (OOP) paradigm that is not natively supported by C. Therefore, the code of XLEAP is awkward and extremely hard to be extended. It is expected that a program package with similar functions to XLEAP can be developed based