曼氏无针乌贼SCD基因克隆与生物信息学分析-海洋生物学专业毕业论文.docxVIP

曼氏无针乌贼SCD基因克隆与生物信息学分析-海洋生物学专业毕业论文.docx

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浙江海洋学院 论文原创性声明 本人声明,所呈交的学位论文系在导师指导下本人独立完成 的研究成果。文中依法引用他人的成果,均已做出明确标注或得 到许可。论文内容未包含法律意义上已属于他人的任何形式的研 究成果,也不包含本人已用于其他学位申请的论文或成果。 本人如违反上述声明,愿意承担以下责任和后果: 1. 交回学校授予的学位证书; 2. 学校可在相关媒体上对作者本人的行为进行通报; 3. 本人按照学校规定的方式,对因不当取得学位给学校造成 的名誉损害,进行公开道歉; 4. 本人负责因论文成果不实产生的法律纠纷。 论文作者签名: 日期: 年 月 日 浙江海洋学院 论文知识产权权属声明 本人在导师指导下所完成的论文及相关的职务作品,知识产 权归属浙江海洋学院。学校享有以任何方式发表、复制、公开阅 览、借阅以及申请专利等权利。本人离校后发表或使用学位论文 或与该论文直接相关的学术论文或成果时,署名单位仍然为浙江 海洋学院。 学位论文作者签名: 指导教师签名: 日期: 年 月 日 日期: 年 月 日 《中国博士学位论文全文数据库》和 《中国优秀硕士学位论文全文数据库》投稿声明 研究生处: 本人同意《中国博士学位论文全文数据库》和《中国优秀硕 士学位论文全文数据库》出版章程的内容,愿意将本人的学位论 文委托研究生处向中国学术期刊(光盘版)电子杂志社的《中国 博士学位论文全文数据库》和《中国优秀硕士学位论文全文数据 库》投稿,希望《中国博士学位论文全文数据库》和《中国优秀 硕士学位论文全文数据库》给予出版,并同意在《中国优秀博硕 士学位论文全文数据库》和《中国优秀硕士学位论文全文数据库》 以及 CNKI 系列数据库中使用,同意按章程规定享受相关权益。 论文级别: □硕士 □博士 学位论文作者签名: 指导教师签名: 日期: 年 月 日 日期: 年 月 日 作者联系地址(邮编): 作者联系电话: 摘 要 硬脂酰辅酶 A 去饱和酶(stearoy-coenzyme A desaturase,SCD)是脂肪酸去 饱和化的关键酶,与作为体内能量重要来源和膜的重要组成成份的多不饱和脂肪 酸( PUFA) 共同维持膜流动性,并在脂肪酸代谢中起中心调节作用。本文以曼氏 无针乌贼(Sepiell amaindroni)为实验材料,采用 RT-PCR 和 RACE 技术克隆了曼 氏无针乌贼 SCD cDNA 的全序列,并通过各种生物信息学软件对 SCD 基因的核 酸和蛋白质序列进行分析。结果表明:SCD 序列全长为 1513bp,由 261bp 的 5′ 非翻译区和 331bp 的 3′非翻译区及可编码 306 个氨基酸的 921bp 开放阅读框组成。 通过 NCBI 中 Blastn 分析发现,曼氏无针乌贼 SCD 核酸序列与真蛸相似性达到 76%;进一步以 ClustalX 软件将曼氏无针乌贼的 SCD 基因与其他已发现 SCD 基 因进行比对,发现 SCD 与真蛸和长牡蛎相似性达到 91%,说明 SCD 在软体动物 中的结构相对保守,与其他非软体动物 SCD 氨基酸同源性比对也表现为 50%以 上的相似性,说明 SCD 分子在进化分类上比较古老,可能是由同一祖先进化而来。 分析不同物种 SCD 基因的系统进化树可知,曼氏无针乌贼和真蛸及牡蛎进化关 系最近,与鱼类稍远,与人及大鼠等哺乳动物亲缘关系最远。TMHMM Server v.2.0 在线软件预测 SCD 基因含有四个跨膜区域,在第 50-100 和 200-250 氨基酸处各 含有两个跨膜区,说明 SCD 蛋白为典型的跨膜蛋白质;SignalP4.0 在线工具预测 SCD 前体蛋白不含有信号肽位点,通过 PSORTⅡ软件推测目的蛋白最可能的功能 区域为内质网;通过 ProtParam、ProtScale 和 PredictProtein 在线服务软件对 SCD 蛋白进行预测分析可知,其理论分子量为 34922.4Da,理论等电点为 8.95,其中 丙氨酸和亮氨酸的含量较高,分别达到了 7.5%和 10.5%,该蛋白机型按极速成分 明显高于非机械性氨基酸成分因而提示为碱性蛋白的可能性较大, etPhos 分析 SCD 存在 7 个潜在的磷酸化位点;SCD 含有丰富的螺旋结构,其中 45.10%为螺 旋,9.48%的延伸链和 45.52%的无规则卷曲。曼氏无针乌贼 SCD 基因的成功克隆 及相关分析,对于深入探讨软体动物脂肪酸代谢相关基因在生物体内作用机制及 调控机理具有重要意义,进而在分子水平上为曼氏无针乌贼的良种培育及人工养 殖提供科学依据。 关键词:曼氏无针乌贼,SCD 基因,cDNA,生物信息学 ABSTRACT Strearyl coenzyme A desaturation enzyme

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