鳞片状叶片的叶面积的测量方法——以柽柳为例.DOC

鳞片状叶片的叶面积的测量方法——以柽柳为例 作者 中国科学院地理科学与资源研究所硕士研究生 庄伟 导师 袁国富 Zhuangwei.cas@ 植物生理生态中，测量叶片面积的常用方法有光电扫描和图像处理两类。以基于光电扫描原理的叶面积仪的??LI-3100 \o 叶面积扫描仪叶面积扫描仪为例，扫描部分需离体测量，最大测量宽度可达 250mm，分辨率两种，各分辨率情况下误差不同，叶面积越小误差越大，叶面积在10cm时，两种扫描头的误差分别为l％和0.5％，在1cm2时误差分别为5％和1％。测量长度不限，厚度范围为2～2.5cm。而像柽柳这样的鳞片状叶片宽度一般都小于5mm，采用光电扫描仪测量会使测量值偏小，造成较大的误差，影响净光合速率、蒸腾速率等参数的校正。对于柽柳这样的细小，不规则的叶片就需要采用图像处理的方法。本文是基于野外试验的实践，而归纳的鳞片状叶片叶片的测量方法，对于松叶等针形叶片也有一定的参考价值。 第一步： 扫描叶片 将叶片展平，尽量不要有重叠，放在扫描机上扫描，选择TIFF格式保存（因为这是面积计算软件Rootedged的图片格式要求），获得叶片的彩色扫描图片。可以多组叶片同时扫描，这样可以提高效率。多组叶片扫描到同一种图片后，用Photoshop经过剪切获得一组叶片。这一组叶片就是用光合仪测量的用于计算净光合速率的叶片。 第二步： 去除阴影 扫描仪叶室基于光学原理。光学扫描的缺陷是有阴影，不去除的话，在面积计算时，会把阴影计入到叶面积中。刚开始我尝试的方法是用套索工具来去除阴影，这需要沿着叶片的边一笔一笔的描，耗时费力。经过刘恩民老师和张佩师姐的实践，他们发现了更简单的方法。可以用Photoshop 中的替换颜色工具，把阴影部分的颜色替换为白色。这样的颜色替换重复3次，阴影基本可以去掉。 找到 替换颜色 选项 点击选择阴影 明度调为+100，使阴影变为白色 经过三次颜色替换，阴影基本去掉了。 第三步： 转为灰度图 选择 图像/模式/灰度，最后保存。注意保存时，保存为无图像压缩格式，一边Rootedge可以识别。 第四步： 利用Rootedge计算叶面积 Rootedge是一款识别根系面积的软件，它能够测量二进制图像中的物体的面积、周长、长度和宽度。它处理的是非压缩TIFF文件。Rootedge使用的文件（图片）要放在英文目录下，图片的命名也要用英文或者数字。 【ROOTEDGE is a computer program written for MS-DOS machines that measures areas, perimeters, lengths, and widths of objects in binary images. The program also is capable of performing some basic image processing operations on binary images. ROOTEDGE was originally developed for measuring root lengths from scanned binary images of roots in uncompressed tagged image file format (TIFF) revision 6.0, a widely-used image format. also process and threshold 16 and 256 grey-scale images and some non-TIFF image formats. The program assumes that objects in binary images are black and that the background is white. If objects in the image are white and the background is black, the Invert image feature in the Preferences menu can be used to invert the image.】ROOTEDGE Manual 4.1设置阈值上限：186。 186，这个值是我在一篇文献中看到（Estimating length, average diameter and surface area of roots using two different Image analyses systems），在0-186之间的像素，软件识别为物体（黑体），在此范围之外的像素，软件识别为背景（白色） PS解释：“阈值”命令将灰度或彩色图像转换为高对比度的黑白图像