基因组计划、模式生物、后基因组时代.pptVIP

基因组计划、模式生物、后基因组时代 邱广蓉 医学遗传学教研室 2012.12 1. 基因组计划的开创性意义 In the latest version of human genome sequence Contains a total of 2.85×109 bp covering over 99% of autosomal genomic sequences, which is nearly complete Accuracy 99.999%, which is 10 times superior to the original goal Gaps between sequence fragments have been reduced from about 150,000 to 341 Only contains 20,000～25,000 protein coding genes, significantly fewer that expected segmental duplications comprise 5.3% of the whole genome, significantly more than that in rat（～3%）or mouse（1～2%） More than 1,000 new genes have been discovered At least 33 pseudogenes have been discovered, many of which are connected with regression of the sense of smell 人类基因组计划背景 从最早开始，人类基因组计划就是针对开发突变筛查新技术所设计的大规模研究计划。 当时，基因克隆与测序对于许多实验室来说具有很大的困难——造成了研究人员时间和研究资源的大量浪费。 历史回顾 1987年春，美国能源部公布了一份人类基因组研究计划，其中包括 三项主要目标：绘制高精度的人类染色体物理图谱；开发相关技术及设备；扩展用于交流的网络、计算能力以及数据库容积。 历史回顾 1988年，美国率先成立了人类基因组研究机构。 同年稍晚，美国国会正式通过了一个为期15年、自1991年开始的美国人类基因组计划。 人类基因组计划组织机构 英、法、德以及日本亦迅速制定了各自的人类基因组计划。为了协调各国的行动，人类基因组组织（ Human Genome Organization, HUGO ） 于1988年成立。其目的是协助研究资源的互通、鼓励公众的讨论、以及对人类基因组研究的用途提出建议等。 人类基因组计划的目标 1. 绘制人类基因组的遗传图谱（genetic map） 2. 绘制人类基因组的物理图谱（physical map） 3. 绘制人类基因组的序列图谱 4. 绘制人类基因组的基因图谱 遗传作图与物理作图 遗传作图 绘制高精度的基因组遗传图谱 人类基因组计划的目标 1. 绘制人类基因组的遗传图谱（genetic map） 2. 绘制人类基因组的物理图谱（physical map） 3. 绘制人类基因组的序列图谱 4. 绘制人类基因组的基因图谱 绘制高精度的基因组物理图谱 大量的人类基因组物理图谱得到了构建。然而，克隆叠连群图谱（clone contig maps）是进行DNA测序的主要模板。 克隆载体及定位标志的选择 第一代物理图谱——由酵母人工染色体构建的叠连群（YAC clone contig） YAC 允许克隆长度为100 kb至1Mb之间的人类DNA片断，但可能无法真实反映原始的DNA序列。 由细菌人工染色体（BAC）与P1载体所构建的人工染色体克隆叠连群构成了第二代物理图谱。上述载体所装载的DNA片断长度为25～70kb，远小于酵母人工染色体，但较为可靠，且稳定性较好。序列标签位点（sequence tagged sites, STS ) 作为定位序列。 Y A C的制作 人类基因组计划的目标 1. 绘制人类基因组的遗传图谱（genetic map） 2. 绘制人类基因组的物理图谱（physical map） 3. 绘制人类基因组的序列图谱 4. 绘制人类基因组的基因图谱 基因组的测序 人类基因组计划的终极目标是获得长约33亿对碱基的准确序列。 对测序步骤进行自动化，最优化 以及技术环节进行微缩化是提前完成HGP的关键原因。 测序技术的发展 第一代：Maxam and Gilbert: Chemical method 第二代：Sanger法：随机终止法 第三代：Hood Laboratory: 采用经标记的引物或ddNTP/激光法检测荧光/计算机辅助图像分析 第四代：焦磷酸测序法 DNA Sequenci