LncRNA研究之lncRNA芯片分析课件.docVIP

LncRNA 研究之 lncRNA 芯片分析 lncRNA 芯片分析 1. 归一化 lncRNA 芯片采用的归一化 的方法为 quantile normalization 。 2. 差异 LncRNA 的筛选 lncRNA 芯片中既有 lncRNA 的探针又有 mRNA 的探针，分 别做差异基因的筛选，筛选方法同表达谱的筛选方法是一致 的，参见表达谱的差异基因筛选。 3. 差异 lncRNA 的重注 释 lncRNA 芯片注释不完善， 因此需要将筛选出来的 lncRNA 进行重注释。将差异 lncRNA 在基因组上位置上下游延伸， 以寻找 lncRNA 附近的有功能的基因。 4. 差异 lncRNA 靶基因的预测 lncRNA 可能通过调控相应的 mRNA 发挥功能，因此有必要预测 lncRNA 的靶基因。我们 提取差异 lncRNA 和 mRNA 的序列，首先用 blast 进行初筛， 之后用 RNAplex 进行进一步筛选， 以预测 lncRNA 可能调控 的 mRNA 。 5. 差异 lncRNA 与靶基因共表达网络预测出 lncRNA 的靶基 因后，并可进一步在 mRNA 的数据中探寻该 mRNA 是否发 生表达量的变化。由此构建差异 lncRNA 与靶基因相互作用 网络图。 6. 差异 lncRNA 与差异 mRNA 的共表达分析 SBC Human lncRNA 芯片能同时检测出差异表达的 lncRNA 和 mRNA 。 我们将差异 lncRNA 和差异 mRNA 在一组样品中进行共表达 分析，可以发现与某个 lncRNA 具有相同表达模式的 mRNA 。 要求：每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复 实验组： 对照组： 7. 差异 lncRNA 靶基因的 GO analysis 对 lncRNA 的靶基因进行 GO Ontology 的生物学的分类，根据 Fishers Exact Test, 得到 p-value ，得到 lncRNA 靶基因对应的显著性 功能，从而了解 lncRNA 的功能。 8. 差异 lncRNA 靶基因 的 pathway analysis 对 lncRNA 靶基因按照 Pathway 的主要 公共数据库 KEGG 和 Biocarta 来进行分类，对 Pathway 中 的基因进行基于离散分布的显著性分析，得到与实验目的有 显著联系的 Pathway 分类,由这些 pathway 对应相应的靶基 因，从而获得该分类即导致 lncRNA 差异的最重要 Pathway 。 9. 差异 lncRNA 的转录因子的预测提取 lncRNA TSS 的上游 2000bp ，下游 500bp, 利用 HMM 的算法根据 TRANSFAC8.1 数据库预测其转录因子。 10. lncRNA cis 作用机制研究： 对 于感兴趣的差异表达 lncRNAs ，搜索其上下游 100K 范围内 的所有编码基因，并与该 lncRNAs 有显著共表达的基因取 交集。这些在基因组上临近、且表达模式上共表达的基因很 可能被该 lncRNAs 所调控。 11. lncRNA trans 作用机制研究：计算 LncRNAs 共表达的 编码基因， 集合与转录因子 /染色质调控复合物的靶基因集合 的交集，利用超几何分布计算该交集的富集程度，得到与 lncRNAs 显著相关的转录因子，从而识别可能与 lncRNAs 联合发挥调控作用的转录因子 /染色质调控因子。 [综述]长链 非编码 RNA （lncRNA ）lncRNA 长链非编码 RNA （long noncoding RNA ，lncRNA ）是一类不编码蛋白的 RNA 分子， 长度在 200bp 以上，起初被认为是 RNA 聚合酶 II 转录的 副产物，不具有生物学功能；近期的研究表明 lncRNA 具有 保守的二级结构，可以与蛋白、 DNA 和 RNA 相互作用， 参与多种生物学过程的调控，尤其在肿瘤当中发挥了重要的 调控角色，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以 及作为 miRNA 的诱导分子干扰基因的表达等。随着高通量 测序技术的发展，越来越多的 lncRNA 被注释，但是绝大多 数的 lncRNA 的功能仍然不清楚， 因此 lncRNA 的研究是一 片非常广阔的未知领域，具有极大的研究价值和意义。 lncRNA 介绍长链非编码 RNA （long non-coding RNA ， lncRNA ）是一类转录本长度超过 200nt 、不编码蛋白的 RNA 。 lncRNA 起初被认为是基因组转录的“噪音”，不具有生物学功 能。然而，近年来的研究表明 lncRNA 能在表观遗传、转录 及转录后水平上调控基因表达，参与了 X 染色体沉默、基因 组印记以及染色