蛋白质的结构.pptVIP

2.结构域的特点 （2）对于较大的球状蛋白质或亚基，其三级结构往往由两个或多个结构域缔合而成也即它们是多结构域的，例如免疫球蛋白的轻链含2个结构域。 2.结构域的特点 （3）结构域有时也指功能域。功能域可以是一个结构域，也可以是由两个结构域或两个以上结构域组成，从功能角度看许多多结构域的酶，其活性中心都位于结构域之间，因为通过结构域容易构建具有特定三维排布的活性中心。结构域之间常常只有一段柔性的肽链连接，形成所谓铰链区，使结构域容易发生相对运动，这是结构域的一大特点。结构域之间的这种柔性将有利于活性中心结合底物和施加应力。 球状蛋白质的三级结构 虽然纤维状蛋白质在各种生物体内含量丰富也很重要，但是它们的种类只占自然界中蛋白质的很小的一部分，球状蛋白质远比它们多得多。蛋白质结构的复杂性和功能的多样性也主要体现在球状蛋白质。 一个蛋白质的三级结构是指由二级结构元件构建成的总三维结构，包括一级结构中相距远的肽段之间的几何相互关系和侧链在三维空间中彼此间的相互关系。 二 、球状蛋白质三维结构的特征 (1) 球状蛋白质分子含多种二级结构元件 纤维状蛋白质(肌球蛋白除外)一般只含一种二级结构元件，然而球状蛋白质分子含有两种或两种以上的二级结构元件。 (2) 球状蛋白质三维结构具有明显的折叠层次 肽链主链在熵驱动下折叠成借氢键维系的α螺旋β折叠片等二级结构。在一级序列上相邻的二级结构往往在三维折叠中彼此靠近并相互作用形成超二级结构。由超二级结构进一步装配成相对独立的球状实体——结构域或三级结构(对于单结构域蛋白质或亚基)，或再由两个或多个结构域(对于多结构域蛋白质或亚基)装配成紧密的球状或椭球状的三级结构。如果这是亚基的三级结构，将由三级结构的亚基缔合成四级结构的多聚体如血红蛋白。 (3) 球状蛋白质分子是紧密的球状或椭球状实体 (4) 球状蛋白质疏水侧链埋藏在分子内部，亲水侧链暴露在分子表面 疏水作用力是维持三级结构的主要动力。 (5) 球状蛋白质分子的表面有一个空穴(也称裂沟、凹槽或口袋) 这种空穴常是结合底物、效应物等配体并行使生物功能的活性部位。 亚基缔合和四级结构 有关四级结构的一些概念 1. 四级结构：自然界中很多蛋白质是以独立折叠的球状蛋白质的聚集体形式存在的。这些球状蛋白通过非共价键彼此缔合在一起。缔合形成聚集体的方式构成蛋白质的四级结构。 2. 亚基：四级结构的蛋白质中每个球状蛋白质称为亚基，亚基一般是一条多肽链。亚基有时也称单体， 3. 寡聚蛋白质：由两个或两个以上亚基组成的蛋白质统称为寡聚蛋白质。寡聚蛋白质包括许多很重要的酶和转运蛋白。 4. 单体蛋白质：仅由一个亚基组成并无此四级结构的蛋白质称为单体蛋白质。 2. 使催化基团汇集在一起 寡聚体的形成可使不同单体亚基的催化基团汇集在一起以形成完整的催化部位。 4. 使寡聚蛋白具有别构效应和协同性 多亚基蛋白质一般具有多个结合部位，结合在蛋白质分子的特定部位上的配体对该分子的其他部位所产生的影响(如改变亲和力或催化能力)称为别构效应。 具有别构效应的蛋白质称为别构蛋白质，除活性部位外还有别的配体(如效应物或调节物)的结合部位，称别构部位或调节部位。 蛋白质结构的组织层次: 一级结构(primary structure) 二级结构(secondary structure) 三级结构(tertiary structure) 四级结构(quaternary structure) 2.3 蛋白质的结构 2.3.1蛋白质的一级结构 所谓蛋白质的一级结构是指蛋白质多肽链中氨基酸的排列顺序以及二硫键的位置。蛋白质一级结构研究的内容包括蛋白质中氨基酸组成、数量、在肽链中的排列顺序和二硫键的位置以及肽链数目等。 一级结构是蛋白质分子结构的基础，它包含了决定蛋白质分子所有结构层次构象的全部信息。 有些蛋白质不是简单的一条肽链，而是由2条或2条以上肽链组成的，肽链之间通过二硫键连接起来，还有的在一条肽链内部形成二硫键。 2.3.2蛋白质的空间结构 1. 蛋白质的构象 1）构象和构型 天然蛋白质都有特定的构象，所谓构象（conformation）是指分子中各个原子和基团在三维空间的排列和分布。这些原子的空间排列取决于它们绕键的旋转，因此，构象的改变不涉及共价键的改变。 构象和构型的概念有根本的区别。构型（configuration）是指在立体异构体中取代原子或基团在空间的取向。一个碳原子与四个不同的基团相连时，只可能有两种不同的空间排列，这两种不同的空间排列称为不同的构型。构型的改变涉及共价键的形成和破坏。 2）多肽主链折叠的空间限制 多肽链的共价主链上所有的α-碳原子都参与形成单键，从理