介绍免费蛋白序列分析软件包ANTHEPROT4-生命经纬.PDF

生命经纬 Antheprot 中文使用说明书 作者：谈杰 一、前言 1 二、软件使用详解 1 1、序列编辑功能 2 2 、工具栏与基本功能 3 3、基本分析工具介绍 5 三、结果的输出以及与其它应用程序进行数据交换 14 四、结束语 14 一、前言 生物的化学，就是蛋白质与核酸的化学。对蛋白质的研究是生物化 学领域一个非常重要的部分。近年来，通过实施基因组计划，得到了大 量的蛋白序列数据，但是，面对如此众多的蛋白质序列数据，其分析工 作是一个非常困难的工作。用人工的方法是不可能完成如此大量的分析 工作的。运用计算机，利用一定的运算规则，进行蛋白序列分析是唯一 的方法。蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3正是这样的一个程序。 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3是位于法国的蛋白质生物与化 学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十 多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所 包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便 能进行各种蛋白序列分析与特性预测。感谢软件的编写者，他们将此软 件包免费提供给此领域的同行使用，这对于我国的科学技术人员来说， 实在是一件好事。因为一个功能再多再好的专业应用软件，如果作为商 业软件进行销售的话，往往使大多数需要使用此软件的科技人员因为科 研经费的问题，无缘使用，这点在我国尤为突出。 软件分为三个版本，分别用于Unix系统，DOS系统与WINDOWS95或98 系统，让我以用于WINDOWS系统的版本为例，介绍一下这个软件的基本 用法。 二、软件使用详解 软件包为一个自解压执行文件，文件名Anthe4_3c.exe，大小为1.9 1 生命经纬 兆。执行此文件，输入解压后存放的 目录名，便可将所有文件解压在此 目录下。主程序名为Anthewin，在桌面上建立它的快捷图标，双击快捷 图标便打开了ANTHEPROT 4.3主窗口。 通过主程序，我们可以载入蛋白序列，对序列进行编辑、打印、拷 贝、改变设定等操作，更重要的是，我们可以在此调用各种所需的分析 工具，对蛋白序列进行分析。 1、序列编辑功能 ANTHEPROT 4.3的主窗口便是其序列编辑窗口： 可以使用 按键或菜单中的File/Open命令打开各种序列文件， 程序识别的文件类型包括： 单序列文件格式：*.SEQ，（ANTHEPROT 3.3支持以下格式的单序列 文件：DNA/Strider 格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、 PIR 格式与IG/Stanford格式); 含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件：*.BAS，(以Pearson/Fasta 格式添加序列，上限为30条序列或32K文件大小); ClustalV 或ClustalW 文件：*.ALN 含有ClustalW格式的多队列； 含有多队列的Multalin 4.1格式文件：*.MUL； 在Prosite 蛋白数据库中查寻出Site结果的文件：*.SIT， 蛋白质原子空间结构的PDB格式文件：*.PDB； 使用IBCP （http://wwww.ibcp.fr/predict.html）服务器预测蛋白 二级结构所获得的结果文件格式：*.CNS； 序列可以从ANTHEPROT编辑窗口以键盘输入，或者以*.SEQ等文件格 式载入，也可以从其它文件复制粘贴到编辑窗口。最简单的序列格式为 Pearson/Fasta格式，为文本格式文件，带有开始的为序列蛋白的名称， 其后便是蛋白序列。下面为一个此格式的例子： MBN VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDL K