R语言在物种进化分析中的应用幻灯片.ppt

Ape provides functions for reading, writing, plotting, and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data in a phylogenetic framework, analyses of diversi?cation and macroevolution, computing distances from allelic and nucleotiddata, reading nucleotide sequences, and several tools. Phylogeny estimation can be done with the NJ, BIONJ, and ME methods. * R语言在物种进化分析中的应用 1、生物信息学对R语言的需求 2、R语言对生物学的“友好” 3、R语言在物种进化分析中的应用 4、R语言与Perl语言 生物学的“新时代” 生物信息学Bioinformatics 运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。 物种进化分析 生物进化：生物的演化过程 对进化进行研究的意义： 了解过去：我是谁？人是如何出现的？ 明了现在：地球上的物种多样性 预测未来：物种灭绝、世界的末日 进化树 构建进化树是清晰明了的表示物种进化关系的最好方法。 程序包Package Ape: 物种进化关系分析包 /web/packages/ape 功能涵盖专业数据的读取、格式转化、存储、画图和计算等。 最重要的是： 可构建多种模式的进化关系树 使用方法 R scritps 更多分析命令 基本信息：Summary() 细节放大：Zoom() 距离矩阵：cophenetic.phylo() 点击获得细节信息：identify.phylo() 两个树的比较：cophyloplot() Braching.times() ervals() ervals() Gmyc() 其它高级分析：祖先状态重建、物种分化速率、物种鉴定等等 R的兼容性 R 与Perl 如何使用？ 利用Perl调用R： system(R test.R --vanilla); 反过来：同样可行 * * Ape provides functions for reading, writing, plotting, and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data in a phylogenetic framework, analyses of diversi?cation and macroevolution, computing distances from allelic and nucleotiddata, reading nucleotide sequences, and several tools. Phylogeny estimation can be done with the NJ, BIONJ, and ME methods. *