家禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程.docVIP

家禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程 1范围 本标准规定了鸡、鸭、鹅等家禽微卫星DNA遗传多样性检测的技术规程。 本标准适用于鸡、鸭、鹅等家禽品种内群体遗传杂合度、等位基因频率、多态信息含量，品种间遗传距离等分析。 2规范性引用文件 下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本标准，然而，鼓励根据本标准达成协议的各方面研究是否使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本标准。 GA/T 383-2002 法庭科学DNA实验室检验规范 SN/T 1193-2003 基因检验实验室技术要求 3术语、定义和缩略语 下列术语、定义和缩略语适用于本标准。 3.1　聚合酶链式反应 polymerase chain reaction (PCR) 用一对寡核苷酸引物、四种脱氧核糖核苷酸（dNTPs）为原料，在合适的温度、离子条件和耐热 DNA聚合酶催化下，在体外人工合成特异的DNA片段的过程。 3.2 微卫星 microsatellite 也称短串联重复序列或简单重复序列（short tandem repeats, STRs; simple sequence repeats, SSRs），以1-6bp的短核苷酸序列为基本单位，呈串联重复状散在分布于生物体基因组中。 3.3 bp: base pair，碱基对。 3.4　等位基因 allele 基因的一种变异体。在二倍体细胞内每个基因有两个等位基因，每个等位基因分别来自于各自的亲本。在一个群体中一个基因可能有许多等位基因。 3.5 基因型 genotype 指特定座位的等位基因组成。 3.6　座位 locus 染色体上的位点。 3.7　等位基因频率 Allele frequency 给定座位上某等位基因所占的比例。 3.8　遗传杂合度 heterozygosity, h 表示群体在某个座位为杂合子的比例，用于衡量标记方式的信息含量程度。 3.9　平均遗传杂合度 average heterozygosity, H 表示群体平均在各座位为杂合子的比例，用于衡量标记方式的信息含量程度。 3.10　多态信息含量 polymorphism information content, PIC 表示后代所获得某个等位标记来自于它的父亲（或母亲）的同一个等位标记的可能性。 3.11　遗传距离 genetic distance 用基因频率的函数表示的群体间遗传差异，它的最适宜的测度是单位长度DNA的核苷酸数或密码子的差数，是用来表示群体或个体之间遗传关系远近的一个量化指标，其值可以从0至无限大。群体或个体间的遗传距离越小，它们之间的亲缘关系越近，反之群体或个体间的遗传距离越大，那么它们之间的亲缘关系将越远。遗传距离的计算方法有多种。 3.12　Nei氏标准遗传距离 Neis standard genetic distance, DS 3.13　Nei氏遗传距离 Neis genetic distance, DA 4　防污染措施 家禽微卫星DNA遗传多样性检测过程中所要求的实验室防污染措施按照GA/T 383-2002、SN/T 1193-2003规定的方法执行。 5　试剂 5.1 血液裂解液 5.2 Tris饱和酚：重蒸 5.3 三氯甲烷：分析纯 5.4 异戊醇：分析纯 5.5 无水乙醇 5.6 溴化乙锭（10mg/mL） 5.7 10×TBE或TAE电泳缓冲液 5.8 6?上样缓冲液 5.9 100 bp DNA 分子量标记 5.10 冰乙酸：分析纯 5.11 琼脂糖：分析纯 5.12 RNA酶（10mg/mL） 5.13 蛋白酶K（20mg/mL）：分析纯 5.14 丙烯酰胺：分析纯 5.15 甲叉双丙烯酰胺：分析纯 5.16 过硫酸铵：分析纯 5.17 硝酸银（AgNO3）：分析纯 5.18 N, N, N?, N?—四甲基乙二胺（TEMED）：分析纯 5.19 无水碳酸钠：分析纯 5.20 dNTPs：dATP、dCTP、dGTP 和 dTTP 5.21 Taq DNA聚合酶（5 U/?L）：高纯度 5.22 pGEM-3Zf(+)/HaeⅢ与PBR322/MspⅠ的等量混合分子量内标 5.23 PCR Buffer 5.24 超纯水 5.25 硝酸：分析纯 5.26 甲醛：分析纯 6　仪器 6.1 凝胶成像分析系统 6.2 PCR仪 6.3 低温高速离心机 6.5 稳压稳流电泳仪 6.7 单道可调移液器（2?L，10?L，20?L，100?L，200?L，1000?L） 6.8