生物信息学实验报告.docVIP

PAGE 2 生物信息学实验报告 姓名：__黄栋_______ 学号：___030940119____ 指导老师：___宋晓峰____ 南京航空航天大学 2011年11月 实验一 生物信息数据库的检索 实验目的： 1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。 2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。 3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。 实验内容： （1）国际与国内的生物信息中心 国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。 核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJ NCBI网址： / EBI网址： http://www.ebi.ac.uk/ EMBL网址： http://www.ebi.ac.uk/embl 蛋白质序列数据库： Swiss Prot 、ExPASy网址： / Uniprot网址： / 蛋白质结构数据库： PDB网址： /pdb/ （2）检索练习： The spike protein of SARS-Corona Virus在NCBI中的核酸记录序列： LOCUS CS244439 3897 bp DNA linear PAT 17-JUL-2006 DEFINITION Sequence 3 from Patent WO2005118813. ACCESSION CS244439 VERSION CS244439.1 GIKEYWORDS . SOURCE SARS coronavirus ORGANISM SARS coronavirus Viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Nidovirales; Coronaviridae; Coronavirinae; Betacoronavirus. REFERENCE 1 AUTHORS Altmeyer,R., Nal-Rogier,B., Chan,C., Kien,F., Kam,Y.W., Siu,Y.L., Tse,K.S., Staropoli,I. and Manuguerra,J.C. TITLE Nucleic acids, polypeptides, methods of expression, and immunogenic compositions associated with sars corona virus spike protein JOURNAL Patent: WO 2005118813-A2 3 15-DEC-2005; INSTITUT PASTEUR (FR); Hong Kong Pasteur Research Centre Limited (CN) FEATURES Location/Qualifiers source 1..3897 /organism=SARS coronavirus /mol_type=unassigned DNA /db_xref=taxon: 227859 CDS 44..3847 /note=unnamed protein product /codon_start=1 /protein_id= CAJ56183.1 /db_xref=GI/translation=MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSDTLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMNNKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFAVSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDAFSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFLYVYK