文献、核酸序列、蛋白质的序列查询.pptVIP

查询University of Illinois at Urbana-Champaign 大学的Yuyen Lin的博士论文全文。 提示：Google baidu 小木虫 生物谷 思考题 Homework 1. Blast查询用鸡的 cDNA为模板PCR扩增得到的序列ccagtagaga cagcagtggc tctggtacag gtgtccgacc gagatgaggg tgagaatgct gtagtgacct gtgtggtggc tggtgatgtt cccatccagc tgcggcaggc tagtgaaaca tggagtgaca gcaagaagaa atacttcctg cagactacca cacctctgga ctatgagtcg gtgaaggact acacaatcga gattgtggca gtggactcgg ggaacccgcc cctttccagc accaactcgc 可能属于哪个基因，查询基因的accession number和gi number,找到EMBL和DDBJ中该系列基因的页面，并与Genbank相对比。 写出他们的异同点（3条以上）。 作业要求： 周五前提交到邮箱：bioinformatics2011@126.com，或liyonghai@； 邮件主题：姓名+第几次作业，如：张三第1次作业； 作业以附件形式提交，利用拷屏等工具粘贴图片记录作业主要步骤。附件必须为word格式文档； 附件文件名：张三第一次作业.doc 独立完成。 PI制模式在英文中的全称是Principal Investigator，可以译为实验室研究组长负责制。 简单点说，就是一个实验室在PI组长的带领下进行教学、科研等各项工作。实验室除了PI 以外，一般由不超过5名的Associate Professor、Assistant Professor、Research Assi stant、technician等教职以及一定数量的本科生、研究生、博士后组成。其中PI负责包括 项目申请、装备采购、人员招募在内的一系列实验室建设工作，各位PI对自己的实验室拥 有高度的责任权、管辖权和治理权。 * 5. Submitting the Search 6. Viewing the Results 7. Choosing the Format Header of a BLAST report The body: graphical overview The body: one-line descriptions The body: alignments high-scoring segment pair (HSP) 1 2 3 BLASTp diagram Protein sequence Blastp Compare the query protein sequence to known protein sequence databases (e.g. Swiss-Prot) Analysis of the output file Deduce potential function BLAST programs（2） blastn compares a nucleotide query sequence against a nucleotide sequence database （用核酸序列搜索核酸序列数据库） 进行序列相似性搜索:blast和FASTA ? Blast和FASTA首先是一种算法，其次才是一个 软件，最后才是一个网上工具。 ? Blastp ? Blastn ? Blastx：Search?protein?database?using?a? translated?nucleotide?query ? tblastn：Search?translated?nucleotide?database? using?a?protein?query ? tblastx：Search?translated?nucleotide?database? using?a?translated?nucleotide?query 1. 在NCBI中查询如下论文 Ox-LDL promotes migration and adhesion of bone marrow-derived mesenchymal stem cells via regulation of MCP-1 expression. Zhang F, Wang C, Wang H, Lu M, Li Y, Feng H, Lin J, Yuan Z, Wang X