脒类KARI酶抑制剂的分子对接和3D-QSAR研究MolecularDocking.PDF

2006 年第64 卷 化 学 学 报 Vol. 64, 2006 第13 期, 1373～1378 ACTA CHIMICA SINICA No. 13, 1373～1378 ·研究论文· 脒类 KARI 酶抑制剂的分子对接和 3D-QSAR 研究 王宝雷 王建国 马 翼 李正名* 李永红 王素华 (南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室 天津 300071) 摘要 对设计合成的20 个单脒类化合物的水稻KARI 酶体外抑制活性和体内除草活性进行了分子对接和三维定量构效 关系研究. 前者采用AutoDock3.0 方法, 研究发现化合物活性变化趋势与分子对接计算结果基本一致, 通过分析化合物 9 与KARI 酶活性氨基酸残基结合模式发现, 残基Glu319, Asp315, Glu496, Gly253, Met254, Cys517 等对氢键和静电相 互作用以及疏水作用都有重要贡献; 后者研究采用比较分子力场分析(CoMFA)方法, 结果表明立体场和静电场对活性 的贡献分别为67.8%和32.2%, 交叉验证系数 2 2 r ＝0.774, 非交叉验证r ＝0.999, F ＝1593.134, 标准偏差s ＝0.036, 所建 cv 立的 3D-QSAR 模型对化合物除草活性具有较好的预测能力. 两种方法研究结果为进一步设计合成更高活性的 KARI 酶抑制剂提供了指导. 关键词 KARI 酶; 分子对接; 三维定量构效关系 Molecular Docking and 3D-QSAR Research of Amidines of KARI Inhibitor WANG, Bao-Lei WANG, Jian-Guo MA, Yi LI, Zheng-Ming* LI, Yong-Hong WANG, Su-Hua (National Key Laboratory of Elemento-Organic Chemistry, Institue of Elemento-Organic Chemistry, Nankai University, Tianjin 300071) Abstract The molecular docking and three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR) of 20 monoamidine compounds synthesized were studied according to their rice KARI inhibi- tory (in vitro) and herbicidal (in vivo) activity. For the former, an AutoDock3.0 method was used. It was found that the trend of activit