NGS与感染性疾病.PPTVIP

真菌 通过建立本地真菌基因组学数据并对比分析，不仅可以进行真菌感染快速准确诊断，还能够发现不同真菌特有的功能性基因，研究其致病机制及药物耐药位点突变，发现新的药物作用靶位点，从而开发具有广谱、不良反应低、无交叉耐药性的抗真菌药物。 2011年5月以德国为中心，欧洲暴发了一次严重的出血性肠道感染，科学家对病菌菌株进行全基因组测序，发现致病元凶为致死性的大肠埃希菌O104：H4，通过对序列的分析推断其感染人体的途径和致病机制，溯源追踪了其感染路径，为疫病的诊断和治疗提供了重要信息。 同年6月法国也发生了类似感染， NGS序列分析发现德国大肠埃希菌菌株基因多样性远低于法国菌株，由此确认其为法国暴发病原体的演化支，明确了感染源 NGS和感染性疾病的精准治疗 贾平东 2003年完成了人类基因组计划 该计划的完成使得人们强烈的意识到人们需要更多更好的技术与数据分析能力来回答随之而来的一系列生物学问题。 然而，通量的限制以及居高不下的测序成本成为了人们进一步了解基因组的一道坎。 下一代测序（next-generation sequencing，NGS） 2000年之后推出的高通量测序平台很好地解决了这个问题，人类基因组测序的成本直接因此下降50000倍 产生了一个新的名词：NGS 一、NGS是什么？ （一）传统的测序方式 大规模平行签名测序（Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS)、 聚合酶克隆（Polony Sequencing）、 454焦磷酸测序（454 pyrosequencing）、 Illumina (Solexa) sequencing、 ABI SOLiD sequencing、 离子半导体测序（Ion semiconductor sequencing）、 DNA 纳米球测序 （DNA nanoball sequencing）等 （二）NGS(next generation sequencing) 包括二代的大规模平行测序和三代的单分子测序。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定 被称为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序 （三）测序平台 1、Illumina公司的Solexa测序平台2、Roche公司的454测序平台 3、ABI公司的寡核苷酸连接检测平台(SOLiD) （四）NGS特点 1、不同平台测序方法不同，但原理有着共通之处，都是将基因组DNA随机切割成小片段DNA，再通过构建文库、PCR扩增等技术流程获得测序模板进行测序及数据分析，相对于Sanger测序来说通量高、速度快、费用低 （四）NGS特点 1、高准确性，高通量，高灵敏度 2、可以同时完成传统基因组学研究（测序和注释）以及功能基因组学 （基因表达及调控，基因功能，蛋白/核酸相互作用）研究 （四）NGS特点 2、越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序，获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测序，在全基因组水平上扫描并检测突变位点，发现个体差异的分子基础。 中科院动物研究所已经测序、组装和分析了38只野生金丝猴的基因组突变。这项研究结果发表在国际分子生物学和进化领域的权威期刊《Molecular Biology and Evolution》 二、NGS可以为感染性疾病做什么？ （一）宏基因组学（Metagenomics） 又叫微生物环境基因组学、元基因组学。 它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。 对特定环境中全部微生物的总DNA（也称宏基因组，metagenomic）进行克隆，并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质，通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息 宏基因组学研究的对象是特定环境中的总DNA，不是某特定的微生物或其细胞中的总DNA，不需要对微生物进行分离培养和纯化，这对我们认识和利用95%以上的未培养微生物提供了一条新的途径。 不仅能够从整体上认识微生物群落自身数量和组成结构，而且可以认识微生物群落自身及其与宿主之间的进化关系，研究不同状态对微生物群落结构和功能的影响，分析人类正常菌群和疾病状态下的结构和功能特征。 肠道微生物宏基因组学与人体代谢、免疫等各方面联系紧密，已成为近年来