比较基因组学原理和应用.pptVIP

* * * * * * * * * * * * 横向迁移现象 对人类基因组的分析发现，有几十个人的基因只与细菌基因相似，而在果蝇、线虫中都不存在。如果以人的这些基因序列来研究进化将会得到荒谬的结论。所以在当前的分子进化研究中必须选择垂直进化的分子作为样本 。并且在系统发生分析中需要建立较完整的生物进化模型，以避免基因转移和欠缺合适的多物种共有保守序列的影响。 Z曲线的GC轮廓图方法 基因组序列变换为等价的三维空间曲线——Z 曲线，经过适当的投影和座标旋转后得到Z’曲线，后者又称为累积GC 轮廓图（Cumulative GC profile）。定义：在基因组某一碱基处的G+C 含量正比于Z’曲线在该点切线的斜率。而在某一窗口中的平均G+C 含量则正比于此量在该窗口内的定积分。 对于任一给定的DNA 序列，有唯一的一条Z 曲线与之对应；反之，给定一条Z 曲线，它所代表的DNA 序列可以唯一地导出。因此，Z 曲线携带了DNA 序列的全部息。对两个基因组或染色体序列的比较，可以通过对它们所对应的Z 曲线的比较来进行。 在研究物种间的进化关系时, 传统的分子进化研究方法一般选取一个大分子 ( 如16SRNA) 的序列为标准,研究其在各个物种同源序列之间的差异, 并以此构建进化树。但是一个物种的基因组编码了成千上万个序列, 以其中一个序列的差异来代表整个生物体的差异是不全面的。因此, 从全基因