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第六章 生物信息本地软件 1.DNAMAN 2. BioEdit/BioEdit/bioedit.html BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等 . 3.Primer Premier 5.0/crm/jsp/com/pbi/crm/clientside/ProductList.jsp Primer Premier是大名鼎鼎的引物设计软件，用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可 以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列，由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测 序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。 “Premier”软件启动界面如下： 4.Oligo/ 引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。Oligo使用方法介绍 作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以 及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况 5.DNAssist/programs.html?productid=203498 10.7M。非常好用而且有名的DNA分析共享软件，含有部分蛋白序列分析功能。可以全功能使用90天。90天后仍然能够全功能使用，只是启动延时。注册费200美元。 6.RNAstructure, Version 4.4/rnastructure.html 输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定算法,预测出其二级结构图，并将图形输出到窗口，得到漂亮的二级结构图形。是非常出色的一个程序。 7.DNASIS DNASIS DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚 至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。 8.ANTHEPROT 主页http://antheprot-pbil.ibcp.fr/ 下载地址ftp://ftp.ibcp.fr/pub/ANTHEPROT/WINDOWS/ 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT ，包括了蛋白质研究领域所包括的很多内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构 预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序 列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。强烈推荐,所有研究蛋白的人员均应使用。 9.Vector NTI Advance 用于DNA和蛋白序列分析：Vector NTI Advance是目前整合度最高的多功能桌面序列分析软件包。Vector NTI Advance基于业界领先的Vector NTI软件包平台构建，包含了一整套数据分析和管理的工具，通过5个功能模块实现。所有的模块共享一个大信息量的图形化用户界面，使序列分析既简单又直 观。 /content.cfm?pageid=10373 10.Discovery Studio gene 1.5下载地址/downloads/dsgene1_5_trial.zip 　Discovery Studio Gene（简称DS Gene）是Omiga的替代品。序列编辑、PCR引物设计、网络数据库 搜索、蛋白质分析和其他形形色色的功能只需要简单操作就能完成。同时，可以以交互式的图形方式或者文本方式察看分析结果，而独特的工作目录窗口简化了序列 组织和分析的过程。 / 除了独自完成一定的功