生物信息学-第四章-多序列比对和分子进化分析.pptVIP

多序列比对及分子进化分析 chicken PLVSS---PLRGEAGVLPFQQEEYEKVKRGIVEQCCHNTCSLYQLENYCN xenopus ALVSG---PQDNELDGMQLQPQEYQKMKRGIVEQCCHSTCSLFQLESYCN human LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN monkey PQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN dog LQVRDVELAGAPGEGGLQPLALEGALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN hamster PQVAQLELGGGPGADDLQTLALEVAQQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN bovine PQVGALELAGGPGAGG-----LEGPPQKRGIVEQCCASVCSLYQLENYCN guinea pig PQVEQTELGMGLGAGGLQPLALEMALQKRGIVDQCCTGTCTRHQLQSYCN Bring the greatest number of similar characters into the same column of the alignment Multiple Sequence Alignment (MSA) 多序列对位排列 为什么要做MSA？ 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。用于预测新序列的二级和三级结构，进而推测其生物学功能。 用于描述同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。是构建分子进化树的基础。 为什么要做MSA？ a b c Gene tree We often assume that gene trees give us species trees 注意概念：Paralogy（旁系同源/并系同源） Orthology（直系同源） 怎么做MSA？ 动态规划算法（dynamic programming）：MSA 改进算法（启发式算法）： 1. 渐进法（progressive methods）：Clustal, T-Coffee, MUSCLE 2. 迭代法（iterative methods）：PRRP, DIALIGN 3. 其它算法：Partial Order Algorithm、profile HMM、 meta-methods (MAFFT)… /wiki/List_of_sequence_alignment_software Current Opinion in Structural Biology 2006, 16:368–373 Clustal：目前被最广泛应用的 MSA 方法 可在线分析 可在本地计算机运行 Clustal使用方法 序列输入、输出格式 FASTA NBRF/PIR EMBL/SWISSPROT ALNGCG/MSFGCG9/RSFGDE ALNNBRF/PIRGCG/MSFPHYLIPNEXUSGDE/FASTA Input Output sequence 1ATTGCAGTTCGCA …… sequence 2ATAGCACATCGCA…… sequence 3ATGCCACTCCGCC…… 两两比对构建距离矩阵 构建指导树（guide tree） 将距离最近的两条序列用动态规划的算法进行比对； “渐进”的加上其他的序列 Clustal W/X算法基础 多序列比对的目的 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。 多序列比对的应用： 系统发育分析(phylogenetic analysis) 结构预测(structure prediction) 序列基序鉴定(sequence motif identification) 功能预测(function prediction) ClustalW/ClustalX：一种全局的多序列比对程序，可以用来绘制亲缘树，分析进化关系。 MEGA5——分子进化遗传分析软件 ClustalW/X的运行 本地运行 命令行操作的Clustal W（linux wind