基因定位与克隆4教学课件.ppt

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RM1 RM2 drawf1 RM3 RM4 3.8cM 2.4cM 2.4cM 2.0cM CHR.6 Marker Dist.(cM) 目标基因所在区域的分子标记连锁图 基因突变导致异常蛋白 基因突变影响功能蛋白的生物合成(数量); 原发损害:直接影响某环节; 继发损害:间接影响某环节 原发性损害 / 继发性损害 基因突变影响功能蛋白的结构; 基因突变影响蛋白质(多肽链)亚细胞定位; 基因突变影响辅基或辅助因子与肽链的结合或去除; 基因突变影响蛋白质的稳定性。 基因突变影响亚单位组装和多聚体形成; Lod score结果判定: Lod3肯定连锁,Lod-2否定连锁, -2Lod1则还需增加样本资料。 * * * * * BSA 这个方法解释起来有点麻烦,不过用起来却很简单。下面我简单的介绍一下他的原理 遗传作图需要作图群体,BSA用的是最简单,常用的F2代。首先我们把含有目的基因的纯合突变体植株 aa 与纯合的野生型AA杂交,形成F1Aa F1自交形成F2。 F2代由于染色体遗传交换,所以每个各体的染色体都既含有来自母本的染色体片断也含有来自父本染色体片断。初一看,觉得这个图比较花, 不过仔细看的话,你就会发现,与目的基因紧密连锁的区域,由于缺少交换,与目的基因是同一来源。这就是说,在A附近的染色体区域基本都是来自母本的,而a 附近的区域都来自父本。 * * * * * * * * * 2010年在国内最早应用外显子组测序技术克隆了一个新的共济失调致病基因TGM6 2004年 定位与克隆角膜环状皮样瘤家系                基因组扫描的流程 DNA抽提 利用STR引物多重 PCR Genotype 基因分型 Linkage 连锁分析 侯选基因,突变检测 定位基因 角膜环状皮样瘤是一种先天性角膜良性肿瘤,呈常染色体显性遗传,以双侧眼球角膜缘处环形淡黄色肿块为特征,可延伸到结膜,患者可出现视力的改变如弱视、斜视和散光。 皮样瘤由外胚层包括角化的上皮、毛发、皮脂腺和中胚层包括纤维组织、脂肪组织、血管组成 中国湖南角膜环状皮样瘤家系图 我们的研究思路 孤独症样本 染色体研究 CNV分析 大规模WGA Candidate Genes DNA Methylation 儿童孤独症患者608例,包括核心家系460个(父母收集完整,共计样本1380个),散发病例148个(未收集父母或只收集了父母单方的样本);共计样本1676例。 15号染色体CNV 图,已有多个报道该位置的变异与自闭症、PWS等疾病有关 M8145 M10117 患者M8560染色体3的CNV,影响CNTN4基因 患者M10120染色体3的CNV,影响CNTN4基因 基因克隆: 基因克隆通常涉及到将构成某一基因的基因组DNA (genomic DNA,gDNA) 或互补DNA(complemantary DNA, cDNA)插入某一载体内,利用载体在宿主细胞(通常用大肠杆菌)中大量繁殖而获得该基因的足够量的拷贝,以便于进行基因的结构和功能的分析,广义的基因克隆也包括任何使基因或DNA片段扩增的操作 。 分离群体类型的选择 根据其遗传稳定性可将分离群体分成两大类: 一类称为暂时性分离群体,如F2、F3、F4、BC、三交群体等,这类群体中分离单位是个体,一经自交或近交其遗传组成就会发生变化,无法永久使用。 另一类称为永久性分离群体,如RI、DH群体等,这类群体中分离单位是株系,不同株系之间存在基因型的差异,而株系内个体间的基因型是相同且纯合的,是自交不分离的。这类群体可通过自交或近交繁殖后代,而不会改变群体的遗传组成,可以永久使用。 (一)F2代群体 优点: 自花授粉植物,还是异花授粉植物,建立F2群体都是容易的。 缺点: 存在杂合基因型。对于显性标记,将无法识别显性纯合基因型和杂合基因型。 由于这种基因型信息简并现象的存在,会降低作图的精度。 为了提高精度,减小误差,则必须使用较大的群体,从而会增加DNA标记分析的费用。 不易长期保存,有性繁殖一代后,群体的遗传结构就会发生变化。 (二)BC1群体 优点: BC1群体中每一分离的基因座只有两种基因型,它直接反映了F1代配子的分离比例 。 可以用来检验雌、雄配子在基因间的重组率上是否存在差异 。 缺点: 不能长期保存。 对于一些人工杂交比较困难的植物,BC1群体也不太合适,因为一是难以建立较大的BC1群体,二是容易出现假杂种,造成作图的误差。 (三)RI群体 RI(重组自交系)群体是杂种后代经过多代自交而产生的一种作图群体,通常从F2代开始,采用单粒传的方法来建立。 优点:可以长期使用,可以进行重复试验。 缺点: 构建RI群体要花费很长时间 异花授粉

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