SNP分子标记的原理及应用.ppt

、;SNP 的概念 ;SNP 的特点 ;种族遗传学 Tang 等研究了来自世界五个地区(中国、马来、高加索、印度和非洲) 人群的MDR1 基因的单倍体和连锁不平衡特征,发现具有e12/ 1236T2e21/ 2677T2e26/ 3435T 亚型的单倍型mh5 在非洲人群以外的四种人群中高度表达,而具有e12/ 1236C2e21/ 2677G2e26/ 3435C 亚型的单倍型mh7 在非洲人群中占了1/ 3 以上,进一步证明了种族间的表形差异。;疾病易感性研究 原理：SNPs 被认为是一种稳定遗传的早期突变,与疾病有着稳定的相关性。当一个遗传标记的频率在患者明显超过非患者时,即表明该标记与疾病关联,通过比较分析两者的单倍型和研究连锁不平衡性,可将基因组中任何未知的致病基因定位。 Horikawa 等应用SNPs作为遗传标记通过基于连锁不平衡的相关分析,在墨西哥裔美国人群和北欧人群中发现了一个DM 易感基因,该基因第三个内含子上的A/ G多态性(SNP43) 同2 型糖尿病(2 型DM) 连锁,该位点为纯合子G的个体患2 型DM 的风险增加,这是目前为止所发现的第一个与2 型DM 相关的SNP ,预示了SNP 在DM 相关基因研究中的重要作用。;药物基因组学研究 SNPs 可以精细地反映个体的遗传差异,SNPs 位点与个体的药物反应进行相关分析,从而确定基因在药物作用中的功能和意义。这样既可以根据患者的遗传特性设计治疗方案,实现“个性化治疗”,提高药效，降低药物的毒副作用,又可以在临床试验阶段为特定的药物选择合适的受试者,提高效率,减少费用。 ;遗传育种的应用 检测水稻SNP，研究优良性状与SNPs的关联关系，指导育种。;SNP的检测方法;1.1 RFLP法;1.2 单链构象多态性(SSCP);1.3 变性梯度凝胶电泳（DGGE）;2. 等位基因特异 PCR ( AS-PCR);3. RT-PCR;;定量分析 高灵敏 TaqMan? Gene Expression Master Mix ;4. 等位基因特异性杂交;;5.引物延伸法--单碱基延伸法;单重SNaPshot数据;多重SNaPshot反应原理;SNaPshot操作流程;SNaPshot?Multiplex试剂盒;质粒;SNaPshot PCR;SNaPshot PCR产物纯化;加样;6.DNA测序法;;7.飞行质谱仪 (MALDI- TOFMS )检测;SNP分型的方法多种多样，MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDITOF质谱技术相结合，实现基因分型检测。 基于MassARRAY? 分子量阵列平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高多达40重PCR反应和基因型检测，实验设计非常灵活，分型结果准确性高。特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。;MassARRAY技术原理:;;;;;;;优势;8.变性高效液相色谱( DHPLC);;;