研究开发课题-SCLS-理化学研究所.pdf

平成２４年度における研究成果 ○研究開発課題 Ⅰ 戦略課題1 ：細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション[統括：杉田 有治（理化学研究所）] 細胞質中の分子混雑、生体膜環境、膜を介した物質及び信号伝達など細胞環境を強く意識した分 子および細胞スケールシミュレーションの実現を目指し、細胞内信号伝達経路の1 分子粒度計算、 膜タンパク質による物質輸送の解明、核内DNA タンパク質複合体の構造予測と機能解明を行う。 Ⅰ－１ 杉田 有治（理化学研究所） マルチスケール・マルチレゾリューション自由エネルギー計算法による分子混雑と物質 輸送に関する計算 Ⅰ－１－１ 実施計画 本研究では、「細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション」研究の一環として、「京」を用いた 大規模な分子動力学計算を実行する。細胞環境（分子混雑、生体膜の寄与など）を露に考慮した環 境での生体分子の大規模構造変化を計算機中に実現する。これにより、構造変化に必要な自由エネ ルギー変化、基質結合に必要な自由エネルギー変化、酵素活性に必要な自由エネルギー変化などを 計算し、膜蛋白質などの機能を定量的に解析する。 平成24 年度は、（１）QM/MM 自由エネルギー計算による酵素活性と、拡張アンサンブル計算に基 づく構造変化の自由エネルギー変化を中規模の蛋白質について求めること、（２）大規模構造変化 を実現するマルチスケール法の開発、（３）細胞環境を取り込む手法の開発と分子混雑による蛋白 質の揺らぎや拡散運動の変化を解析する。 また、「細胞内分子ダイナミクス」研究チーム間の連携をはかるための班会議や、「分子混雑」や 「物質輸送」に関わる実験研究者、「細胞スケールシミュレーション」などと連携するために必要 な研究セミナーを随時開催する。 Ⅰ－１－２ 実施内容（成果） （１）ソフトウェアの開発・高度化の状況 細胞環境のような巨大システムの分子動力学計算を効率良く実行することを目的として、現在使 用しているソフトウェアGENESIS （計算科学研究機構・粒子系生物物理研究チーム開発）に、並列 ファイル入出力機能を新規に導入した。通常、小さな分子システムに対して分子動力学シミュレー ションを行う場合は、構造ファイルやパラメータファイル、トポロジーファイルなどのインプット ファイルはそれぞれ１個用意しておけば良い。しかしながら、細胞環境のような巨大分子システム の場合は、原子数が１億個以上あればインプットファイルの容量は10GB 以上になり、ファイル転 送や読み込み、変数のセットアップなどの前処理だけに数時間も要してしまう。新規に導入した並 列ファイル入出力機能はこのような問題を改善するためのもので、本機能はインプットファイルを ドメイン単位に分割し、分割されたファイルを各計算ノードに分散させて転送し、ファイルの入出 力を各ノードで行う。この機能により、我々は 1億原子系に対して数時間かかっていた計算の前処 理を数十秒に短縮することに成功し、「京」において8192 ノード以上でも効率よく計算を実行でき るようになった。 （２）研究開発の実施状況 １）細胞内環境における全原子シミュレーション 細胞環境がタンパク質に対してどのような影響を与えるかを調べるために、異なる2 種類のタ ンパク質を様々な濃度で含むシステムの分子シミュレーションを行い、タンパク質の物理化学的性 質を分子混雑下と希薄溶液中の場合とで比較した。本研究では、動的・熱力学的性質が実験・理論 的にもよく調べられているProtein G およびVillin を用い、これらに対する分子動力学計算から、 天然構造とのRMSD および慣性半径を反応座標と して自由エネルギー地形を解析した。その結果、 Villin は分子混雑によって大きく天然構造が不 安定化し、このような効果はすべての濃度条件 下で現れることが分かった｡一方、Protein G は 混雑度が最も強いシステム(PGVH5)を除いては､ どの濃度においても天然構造の安定性が保たれ ることがわかった （右図参照）｡即ち、タンパク 質の種類によっては構造安定性が異なり､常に 希薄溶液中における天然構造が安定ではないこ とが示唆された｡また､高温条件下(500 K)や変性 剤(Urea)存在下におけるタンパク質のアン フォールディングシミュレーションから得られ た自由エネルギー地形と比較したところ、これ らとも異なることが分かった｡本研究により、分 子混雑下特有の相互作用