结合分子相似性药效团和分子对接筛选新HIV1蛋白酶.PDFVIP

第 １３卷 第４期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１３Ｎｏ．４ 　　　　　　　　　　 ２０１５年１２月 ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌｏｆＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｄｅｃ．２０１５ － ｄｏｉ：１０３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ２０１５．０４．０７ 结合分子相似性、药效团和分子对接 筛选新的ＨＩＶ１蛋白酶抑制剂 汪　滢，唐国荣，刘澍楠 （中国人民解放军第４７６医院，福州 ３５０００２） 摘　要：结合分子相似性、药效团和分子对接建立兼顾计算效率和预测准确度的ＨＩＶ１蛋白酶抑制剂筛选方法。首先通过对 现有ＨＩＶ１蛋白酶抑制剂分子进行相似性分析，选取代表性的ＨＩＶ１蛋白酶抑制剂作为模板分子，构建和优化药效团模型，并 从１万个化合物中优先筛选出５００个化合物。而后采用分子对接方法进一步考察化合物与ＨＩＶ１蛋白酶结合情况，得到４个 新的活性候选化合物，并进行其结合自由能计算和抗突变性分析。结果表明新候选化合物ＳＴ０２５７２３和ＨＩＶ１蛋白酶表现出 较好的相互作用和抗突变性，具有深入研究的价值，同时也证明分子相似性、药效团和分子对接相结合能够快速有效地发现 新颖活性候选化合物。 关键词：ＨＩＶ１蛋白酶抑制剂；分子相似性；药效团；分子对接 － － － 中图分类号：Ｒ９１　　文献标志码：Ａ　　文章编号２０１５）０４２４４０７ ＤｉｓｃｏｖｅｒｙｏｆｎｅｗＨＩＶ１ｐｒｏｔｅａｓｅｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓｂｙｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ，ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅａｎｄｄｏｃｋｉｎｇｍｅｔｈｏｄｓ  ＷＡＮＧＹｉｎｇ，ＴＡＮＧＧｕｏｒｏｎｇ，ＬＩＵＳｈｕｎａｎ （ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＰｈａｒｍａｃｙ，Ｔｈｅ４７６ｔｈＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＰＬＡ，Ｆｕｚｈｏｕ３５０００２，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＡｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔａｎｄａｃｃｕｒａｔｅｍｅｔｈｏｄｗａｓｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄｆｏｒＨＩＶ１ｐｒｏｔｅａｓｅｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓｃｒｅｅｎｉｎｇｂｙｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌａｒｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ，ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅａｎｄｄｏｃｋｉｎｇｍｅｔｈｏｄｓ．Ｆｉｒｓｔ，ｔｈｅｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｏｆｋｎｏｗｎＨＩＶ１ｐｒｏｔｅａｓｅｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｗａｓａｎａｌｙｚｅｄ，ａｎｄｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓｗｅｒｅｃｈｏｓｅｎａｓｔｅｍｐｌａｔｅｓｔｏｂｕｉｌｄｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅｍｏｄｅｌｆｏｒｄａｔａｂａｓｅ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ．Ｆｉｖｅｈｕｎｄｒｅｄｃｏｍｐｏｕｎｄｓｗｅｒｅｐｉｃｋｅｄｏｕｔｆｒｏｍ１００００ｃｏｍｐｏｕｎｄｓｂｙｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅｓｃｒｅｅｎｉｎｇ，ｗｈｉｃｈ ｗｅｒｅｆｕｒｔｈｅｒｓｕｂｍｉｔｔｅｄｔｏｄｏｃｋｉｎｇｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ．Ｆｏｕｒｎｅｗｃａｎｄｉｄａｔｅｃｏｍｐｏｕｎｄｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄ，ａｎｄｔｈｅｉｒｂｉｎｄｉｎｇｆｒｅｅ ｅｎｅｒｇｉｅｓａｎｄａｎｔｉｍｕｔａｇｅｎｉｃａｂｉｌｉｔｉｅｓｗｅｒｅｆｕｒｔｈｅｒｅｖａｌｕａｔｅｄ．ＴｈｅｃａｎｄｉｄａｔｅｃｏｍｐｏｕｎｄＳＴ０２５７２３ｓｈｏｗｅｄｇｏｏｄ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｗｉｔｈＨＩＶ１ｐｒｏｔｅａｓｅａｎｄａｎｔｉｍｕｔａｇｅｎｉｃａｂｉｌｉｔｙ，ａｎｄｄｅｓｅｒｖｅｄｔｏｂｅｆｕｒｔｈｅｒｓｔｕｄｉｅｄ．Ｔｈｅｒｅｆｏｒｅ，ｔｈｅ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ，ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅ，ａｎｄｄｏｃｋｉｎｇｃｏｕｌｄｂｅａｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔｓｔｒａｔｅｇｙｔｏｄｉｓｃｏｖｅｒｎｏｖｅｌ ａｃｔｉｖｅｃａｎｄｉｄａｔ