分子动力学综述.pdfVIP

基本概念 1、对体系的分子运动方程组采用计算机进行数值求解时，需要将运动 方程离散化为有限差分方程。 2 、分子运动方程常用的求解方法有欧拉法、龙格-库塔法、辛普生法 等。 3、采用分子动力学方法，必需对被计算的粒子系统给定适当的边界条 件。这些边界条件大致可分成自由表面边界、固定边界、柔性边界、 周期性边界四种。 4 、系统达到平衡所需的时间称为弛豫时间。 5、针对每个粒子，径向分布函数通常指的是给定某个粒子i 的坐标，其 他粒子在i空间的分布几率。 6、系综调节主要是指在进行分子动力学计算过程中，对温度和压力参 数的调节，分为调温技术和调压技术。7、采用最小像力约定后，原胞 内第i 个粒子与周围粒子的相互作用势和互作用力为和其中： ，是沿方 向的单位矢量。 8、分子间作用力主要有长程的引力和短程的斥力。 9、1924年，Lennard-Jones发表了著名的负幂函数式的势函数的解析式 为 10. 系综(ensemble) 是指在一定的宏观条件下(约束条件) ，大量性质和 结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。 主要问题 1、 请写出实现周期性边界条件的具体操作。 在模拟较大的体系时，为