王镜岩_生物化学_第5章_蛋白质的三维结构.ppt

2.具有多个跨膜肽段的膜蛋白 一条多肽链来回跨膜折叠，形成一个由多个经常是7个α螺旋段反平行装配的球状膜蛋白。 3.β桶形膜蛋白——膜孔蛋白 亲水侧链面向桶中央孔道或空腔，疏水侧链分布在桶的外侧，在这里与膜的疏水脂烃链相互作用。 The human beta barrel porin protein （二）脂锚定膜蛋白 某些膜蛋白与脂分子共价连接，而后脂质部分可插入脂双层中，有效地把被连接的蛋白质锚定在膜上。 许多情况下通过脂锚钩与膜连接是用来调节蛋白质的活性。脂锚钩的一个重要性质是它的瞬时性，它可逆地与蛋白质连接和脱离，这为改变蛋白质对膜的亲和性提供了一个“转换装置”。 九、蛋白质折叠和结构预测 （一）蛋白质的变性 蛋白质各自所特有的高级结构，是表现其物理性质和化学特性以及生物学功能的基础。当天然蛋白质受到某些物理因素和化学因素的影响，使其分子内部原有的高级构象发生变化时，蛋白质的理化性质和生物学功能都随之改变或丧失，但并未导致其一级结构的变化，这种现象称为变性作用（denaturation）。 变性的因素： 强酸和强碱；有机溶剂，破坏疏水作用；去污剂，都是两亲分子，破坏疏水作用；还原性试剂：尿素、β-硫基乙醇；盐浓度，盐析、盐溶；重金属离子，Hg2+、pb2+，能与-SH或带电基团反应；温度；机械力，如搅拌和研磨中的气泡。 变性的实质： 次级键（有时包括二硫键）被破坏，天然构象解体。变性不涉及一级结构的破坏。 蛋白质变性后，往往出现下列现象： ①结晶及生物活性丧失是蛋白质变性的主要特征。②硫水侧链基团外露。③理化性质改变，溶解度降低、沉淀，粘度增加，分子伸展。④生理化学性质改变。分子结构伸展松散，易被蛋白酶水解。 实际应用：A.消毒灭菌：75%乙醇，紫外线，高温。 B.制备活性蛋白质时严防蛋白质变性。 变性机理： ①热变性（往往是不可逆的）：多肽链受到过分的热振荡，引起氢链破坏。②酸碱变性：破坏了盐键。③有机溶剂：破坏水化膜，降低蛋白质溶液介电常数。 变性是一个协同过程。在所加变性剂的很窄浓度范围内或很窄pH或温度间隔内突然发生。 变性剂：尿素和盐酸胍，与多肽主链竟争氢键。破坏蛋白质的二级结构。变性剂增加非极性侧链在水中的溶解度，降低了维持蛋白质三级结构的疏水作用。 SDS能破坏蛋白质分子内的疏水相互作用使非极性基团暴露于介质水中。 蛋白质的变性作用如果不过于剧烈，则是一种可逆过程，变性蛋白质通常在除去变性因素后，可缓慢地重新自发折叠成原来的构象，恢复原有的理化性质和生物活性，这种现象成为复性（renaturation）。 1.核糖核酸酶变性与复性作用 Native ribonuclease Denative reduced ribonuclease Native ribonuclease 8 M urea and ?-mercaptoethanol Dialysis 变性 复性 （二）氨基酸序列规定蛋白质的三维结构 Ribonuclease A: Amino Acid Sequence Ribonuclease A 2.二硫桥在稳定蛋白质构象中的作用 RNA酶肽链上的一维信息控制肽链自身折叠成特定的天然构象，并由此确定了Cys残基两两相互接近的正确位置。 二硫桥对肽链的正确折叠并不是必要的，但对稳定折叠结构作出贡献。 蛋白质的三维结构归根到底是由一级序列决定的，三维结构是多肽链上的各个单键旋转自由度受到各种限制的总结果。 这些限制包括：肽链的硬度、肽链中疏水基和亲水基的数目和位置、带正电荷和负电荷的R基的数目和位置以及溶剂和其他溶质等。 （三）蛋白质结构的预测 1.二级结构的预测 各种残基形成各种二级结构的倾向性是不同的。Glu、Met、Ala和Leu在α螺旋中比在其他二级结构元件中高；Gly和Pro在β转角中出现的频率很高。Val、Ile和芳香簇氨基酸在β折叠片中频率很高，而Asp、Glu和Pro在β折叠片中则很低。 3.三级结构的预测——折叠的计算机模拟 十、亚基缔合和四级结构 （一）有关四级结构的一些概念 四级结构(quarternary structure)指由相同或不同的称作亚基（subunit）的亚单位按照一定排布方式缔合而成的蛋白质结构。 亚基一般是一条多肽链，有时也称单体。本身具有球状三级结构。 蛋白质 单体蛋白质 寡聚蛋白质 同多聚 杂多聚 蛋白质的四级结构涉及亚基种类和数目以及各亚基或原聚体在整个分子中的空间排布，包括亚基间的接触位点（结构互补）和作用力（主要是非共价相互作用）。 （二）四级缔合的驱动力 维持四级结构稳定的作用力是疏水键、离子键、氢键、范得华力。 亚基缔合的驱动力主要是疏水相互作用，亚基缔合的专一性则由相互作用的表面上的极性基