利用SSR和形态学标记分析大薯(DioscoreaalataL.)在巴西的多元化格局.pptxVIP

利用SSR和形态学标记分析大薯(Dioscorea alata L.）在巴西的多元化格局 Marcos V. B. M. Siqueira • Maria L. Bonatelli • Torsten Gu¨nther •Inka Gawenda • Karl J. Schmid • Vitor A. C. Pavinato • Elizabeth A. Veasey Springer Science+Business Media Dordrecht 2013 姓名： 专业： 学号： 目录 背景 材料和方法 结果 讨论 背景 大薯 大薯（Dioscorea alata）又叫参薯，为薯蓣科薯蓣属多年生缠绕草质藤本植物。全球有超过600种薯蓣属存在，他们的栖息地主要是热带或亚热带地区的非洲，美国，亚洲和波利尼西亚。对超过1亿人口来说，大薯种植是一种食物来源，并且对发展中国家的小农来说是生存策略的组成部分。 背景 SSR标记 SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA） 微卫星是最有效的标记之一，具有高可变性，多等位基因，共显性遗传，重复性等优点 基于SSR标记的遗传标记已经在几个大薯品种中用来分析种质资源。目前为止，已发展的大薯引物有64个，这为在这个物种中对隔离模式和基因多样性及图谱的杂种鉴定进行进一步的研究提供了有利条件。 背景 形态学标记 形态标记是遗传标记的一种，指肉眼可见的或仪器测量动物的外部特征(如毛色、体型、外形、皮肤结构等)，以这种形态性状、生理性状及生态地理分布等特征为遗传标记，研究物种间的关系、分类和鉴定。 材料与方法 一、大薯；一共使用了89份大薯，包括72种本地品种和17种商业种质。 材料与方法 二、引物；在这项研究中我们共使用了12对引物，包括9对SSR引物和3对公开可用引物。 材料与方法 一、形态统计 2010年8月在野生条件下对收获的个别植株（每种品种测一到三个植株）块茎进行了四个形态性状的测定。这些性状包括： 这与国际植物种质资源研究所是一致的（表1）。 块茎形状 块茎大小 块茎外皮颜色 块茎肉色 圆形（R） 大（30cm）（L） 棕色(B) 紫色(P) 椭圆形（O） 中（10到30cm）（M） 浅褐色(LB) 浅紫色(WP) 不规则形（I） 小（10cm）（S） 黑褐色(DB) 白色(W) 米黄色(C) 表1 列出了72种地方品种和17种商业种质，包括它们的鉴别特点、起源、俗名和地理分布特点。块茎形状/大小（TS/S），种皮颜色（TSC）和肉质颜色（TFC） 材料与方法 二、DNA的提取 嫩叶收集后晾干并冷冻48小时。采用改良的CTAB（溴化十六烷基三甲铵）方法从一个50毫克冷冻叶样品中提取总DNA。 DNA质量检查是通过1％琼脂糖凝胶电泳和未经处理过的λ噬菌体DNA（Invitrogen公司，加利福尼亚州，美国)做对照。 材料与方法 三、PCR扩增 PCR体系（16ul） 1U Taq DNA聚合酶 1X 扩增缓冲液 1.5mM MgCl2 0.3uM 引物 0.2mM dNTPs 20ng DNA模板 PCR反应程序 步骤 温度（℃） 时间（s） 1 94 300 2 92 30 3 退火温度 60 4 72 60 5 To 2 29 cycle 6 72 60 7 4 pause 在30min 60V和3.5h 120V的 6％变性聚丙烯酰胺凝胶电泳下完成产物分离。然后银染使其形象化，最后把条带手动地转化进0/1的表格。 四、种群遗传分析 ①引物的识别率（D） D表示两个随机选择的个体具有彼此不同和独特的带型概率; C表示两个随机选择的个体有一个类似带型的概率，N表示分析的个体数量。 对每个引物的识别率（D）进行评估，以检测其标记效率。 材料与方法 ②香农 - 维纳多样性指数（H′） H′：用于调查植物群落局域生物境内多样性的指数，常与辛普森多样性指数共同使用。 H=样品的信息含量(彼得/个体)=群落的多样性指数，S=种数，Pi=样品中属于第i种的个体的比例 对于每个地理区域来说，使用香农 - 维纳指数（H′）评估其多样性，一般使用PopGene软件。 材料与方法 ③杰卡德相似性系数（J） 用来比较样本集中的相似性和分散性的一个概率，只关心个体间共同具有的特征是否一致这个问题。 杰卡德相似系数的评估使用的是Vegan R’s 软件，在R’s软件作用下使用类平均聚类法（UPGMA）来根据这些指数分析种质之间的关系。为了评估树状图每个节点的一致性，我们在R’s软件中使用了10000次的功能采样。最后绘制了树状图。 材料与方法 ④方差分析 使用Arle