微量元素蛋白质组的比较基因组学研究.pdfVIP

第24卷第8期 生命科学 Vol. 24, No. 8 2012年8月 Chinese Bulletin of Life Sciences Aug., 2012 文章编号：1004-0374(2012)08-0948-18 主要研究方向包括 ：人体必需微量元素代谢调控机制的计算生物学研究； 人体复杂疾病代谢调控网络的系统生物学研究。通过计算生物学和生物信息学 的理论和方法，对人体必需微量元素，如锌、铜、硒等的代谢与稳态调控机制 开展了深入分析，发现了一批参与不同元素代谢的新基因和相关生物网络。利 用多种 “组学”数据，深入开展对糖尿病和肿瘤等复杂疾病的代谢与调控网络 的系统生物学研究，构建数学模型并研究网络特征，寻找疾病发生与发展相关 的新基因、新调控机制和重要功能模块，用于早期诊断或治疗，并进一步探讨 细胞重要活动 （如细胞周期、磷酸化等）与复杂疾病的潜在关系。 张　焱 http :///cb/zhanglab 微量元素蛋白质组的比较基因组学研究 1 2 3* 刘克钦 ，陈康明，张　焱 (1 200444 2 100005 上海大学系统生物技术研究所，上海 ； 中国医学科学院基础医学研究所，北京 ； 3 中国科学院上海生命科学研究院，中国科学院系统生物学重点实验室，上海200031) 摘　要：微量元素指需要量很少( 人体中含量在0.01% 以下) ，但却是所有生物体所必需的元素。它们参与 了生物体中各种复杂的生物过程，因此不同生物必须依赖相应的微量元素才能生存。过去大量的工作主要 放在微量元素代谢通路和微量元素结合蛋白的实验研究上，由此凸显出微量元素对生命的重要性。然而， 微量元素的计算生物学研究工作却非常有限。着重介绍当前利用比较基因组学的理论和方法来研究不同微 量元素的利用、代谢、功能和进化方面问题的最新进展。对于所讨论的元素，大多数利用它们的蛋白已经 基本确定，并且这些蛋白对于特定元素的依赖性也是非常保守的。通过比较基因组学分析，有助于帮助我 们进一步认识微量元素领域很多基本问题( 如在古菌、细菌和真核生物中的代谢、功能和动态进化规律等) 及其重要特征。 关键词：微量元素；蛋白质组；比较基因组学；计算生物学；生物信息学 A 中图分类号：Q581 文献标志码 ： Comparative genomics of trace element-dependent proteomes 1 2 3* LIU Ke-Qin , CHEN Kang-Ming , ZHANG Yan (1 Institute of Systems Biology, Shanghai University, Shanghai 200444, China; 2 Institute of Basic Medical Sciences, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100005, China;