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Bioinformatics Databases — Resource and Application 生物信息数据库—资源和应用 百迈客第二届全国功能基因组峰会 2015年11月11-12 日北京 罗静初 北京大学生命科学学院 北京大学生物信息中心 luojc@ / 汇报提纲 • 国际生物信息数据库 • 国内生物信息数据库 • 北大生物信息中心数据库 • 植物转录因子数据库 • 数据库应用实例 Bioinformatics Databases • Can fill the gap between bioinformaticians and wet-lab biologists • Can turn the omics data into knowledge • Can make a bridge from big data to big discoveries Historical Overview • The 1st biological database Protein Data Bank (PDB) was started in 1977. • The two DNA sequence databases EMBL and GenBank were founded in early 1980’. • The two protein sequence databases PIR and Swiss-Prot were built in middle 1980’. 核酸序列数据库 • 1979年，美国科学基金会NSF 召集会议，对建立核酸序列数据库 达成共识。 • 1980年，欧洲分子生物学实验室核酸序列数据库EMBL正式宣告诞 生，1982年6月，EMBL第1版正式对外发布。 • 1982年，Walter Goad等竭力推动，美国国家健康研究院NIH 、科 学研究基金会NSF 、能源部DOE和国防部DOD等共同资助，创建 核酸序列数据库GenBank，洛斯阿拉莫斯国家实验室负责运行。 1987-1992年，由InteliGentics公司负责分发。 • 1992年起，美国国家生物技术信息中心NCBI接管GenBank，负责 核酸序列收集、储存、管理、注释、分发，并开发基于网络浏览 器的数据库检索系统。 • 1986年，日本国立遗传研究所NIG建立日本DNA数据库DDBJ ，并 和GenBank、EMBL共同成立国际核酸序列数据库协会INSDC 。 蛋白质序列数据库 • 1984年，美国国家生物医学基金会NBRF Winona Barker 和 Robert Ledley 获NIH 资助，建立了蛋白质序列数据库PIR ； 1988年，NBRF 和德国、日本联合成立了国际蛋白质序列数 据库。 • 1986年，瑞士日内瓦大学Amos Bairoch创建了蛋白质序列数 据库Swiss-Prot ，该数据库具有大量注释信息和交叉链接。 • 1995年，欧洲生物信息学研究所Rolf Apweiler创建了蛋白质 序列数据库TrEMBL ，收集从EMBL翻译得到的蛋白质序列。 • 2003年，Swiss-Prot 、TrEMBL和PIR合并，建立了国际蛋白 质知识库UniProt ，统一收集、管理、注释、发布蛋白质序列 数据。UniProt包括UniProtKB/UniRef/UniParc三部分和Swiss- Prot/TrEMBL两个子库。 美国国家生物技术信息中心NCBI • 1988年11月，由已故参议员Claude Peper提议成立