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分子遗传室介绍 分子遗传室致力于临床上较为少见的遗传病的基因检测。 建立多种技术平台，包括Ion torrent PGM高通量半导体芯片测序（NGS），多重连接酶依赖性探针扩增技术（MLPA），Sanger法基因测序，TP-PCR等技术，引进国外先进技术并结合自主创新，可检测大片段缺失重复突变以及几乎所有的微小点突变、缺失重复突变。 近400个基因检测项目 神经系统遗传病 遗传代谢病 内分泌遗传病 遗传性耳聋 血液系统遗传病 智力发育障碍 肾脏遗传病 呼吸系统 。。。 分子遗传人员 学科主任 有20多年国内外基因检测及科研工作经验的归国学者 主任助理：2人 1人博士、1人硕士 技术团队：18人 硕士5人 本科7人 大专/中专5人 专业分布 临床医学、医学检验、分子生物学、生物信息学 专家顾问 中山大学附属第一医院教授（临床顾问） 香港中文大学教授（生物信息学顾问） 香港卫生署医学医学科（技术顾问） 近400个基因检测项目 神经系统遗传病 遗传代谢病 内分泌遗传病 遗传性耳聋 血液系统遗传病 智力发育障碍、自闭症 肾脏遗传病 呼吸系统遗传病 。。。 仪 器 PCR仪 片段分析 std-PCR原理： 由正反向引物扩增包含了重复序列的目的片段，检测目的片段的长度，从而计算出重复区的重复次数。 TP-PCR原理： PCR的反向引物被设计与致病基因的重复序列进行杂交。各种大小不一的序列在三重PCR反应中被扩增出来。如果重复数量增加了，一个明显的PCR产物轮廓（梯形轮廓）会在峰图中出现。 动态突变： 动态突变是指DNA中的核苷酸（主要为三核苷酸）重复序列的拷贝数发生扩增而产生的突变。动态突变伴随着世代的传递而不断扩增，重复序列的拷贝数越来越多，在达到一定的倍数后就导致疾病的发生，其发病率和疾病的严重性也逐代升高加重。 eg:DM1是由DMPK基因（19q13.3）的CTG重复数扩增而引起的，正常人重复数为5~34次，遗传不稳定正常等位基因为35~49次，全突变则≧50次，严重者甚至在2000次以上。需联合应用std-PCR及TP-PCR技术诊断DM1。 片段分析主要适用项目（动态突变）： SCA（脊髓小脑共济失调） FRDA（Friedreich共济失调） HD（亨廷顿舞蹈病） KD（肯尼迪病） DM（强直性肌营养不良） FraX（脆性X综合征） PWS/AS（小胖威利/天使综合征） SRY基因检测 SCA3 片段分析 疾病概述 2.2 MLPA技术原理及反应步骤 原理：利用可与样本DNA正确杂交并被连接酶连接的探针进行扩增和定量分析。 MLPA的典型特点是，它不是扩增靶序列，而是扩增与靶序列结合的MLPA探针。 MLPA技术融合了DNA探针杂交和PCR技术的特点，且发扬了其连接依赖的特色，其优点： 与测序相比： 不适合检测未知突变（只能检测探针覆盖序列的拷贝数变化） 与染色体核型分析相比： 不能检测染色体结构异常； 不能反映染色体的平衡易位和倒位现象； 与FISH相比： 目前尚不能对单个细胞进行检测； 尚不能用于检测短串联重复序列多态性(STR)； 此外，其探针设计耗时且艰难等…… 什么是测序？ 确定一条染色体片断上的碱基顺序。 Sanger法： 在PCR时加入荧光标记的复制终止剂，比如ddA,ddT,ddC,ddG（相应于4种碱基） ddX的两个作用： 可以当作正常碱基参与复制 一旦链入DNA中，其后就不能再继续连接 电泳 谁终止，碱基就是谁 此方法获1974年的Nobel奖 特点 成本相对低 体积比较小 操作也更简单 速度也相当快速， 整个芯片通量并不高 10G左右 但非常适合小基因组和外显子 验证的测序 由Illumina开发，TruSight One Sequencing Panel全面覆盖4,813个与临床表型相关的基因。实验室可分析panel上的全部基因，或有选择地关注特定亚群。通过这种方式，单个panel可有效代表整个新一代测序组合。 基因突变的命名 一般原则 基因名(HGNC gene symbols) 基因名应当采用HGNC规定的名称。 注：HGNC基因命名、参考序列可通过登陆/data/gdlw_index.html获得 注明变异发现的方式 列表进行变异序列的描述时，要包含DNA，RNA和蛋白质水平，并明确表明这些变异是否经过了实验验证或只是理论演绎。 参考序列RefSeq 任何一次描述，都必然是参考了一条参考序列，基因组或编码DNA参考序列。 参考序列来源：HGNC文件； /gene/ MLPA技术介绍 /WebForms/WebFormMain.aspx MLPA技术原理 MLPA技术特点 MLPA优点 MLPA局限性 MLPA应用范围 染色