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生物信息学;生物学家：We have a dream…;梦想走进现实：How?;第三种方案：分子进化;分子进化的模式; (1) DNA突变的模式;(2) 核苷酸替代：转换 颠换;基因复制：单个基因复制;基因复制：染色体片段复制;基因复制：基因组复制;分子进化研究的目的;(1) Tree of Life: 16S rRNA;Out of Africa;(2) 同源性分析-功能相似性;;异同源物;基因的趋同进化
通过不同的进化过程获得保守的功能;趋同进化：Langur;同源关系的分析;Reciprocal Best Hits;(3) HIV protease: 高突变性;本章内容提要;第一节 密码子偏好及相应分析;标准密码子;大肠杆菌RNA聚合酶;大肠杆菌RNA聚合酶 (2);tRNA Anticodon;碱基出现的频率;分子进化的理论;同义替代 vs. 非同义替代;编码区 vs. 非编码区;编码区：密码子;编码区 密码子: 推论;11个细菌基因组与密码子三个位置上的GC含量的关系;密码子偏好的应用及计算;RSCU;密码子：the relative adaptation;大肠杆菌 酵母;CAI: codon Adaptation Index;例：大肠杆菌的rpsU;大肠杆菌和酵母：部分基因的CAI;异源基因：在其他物种中的CAI;第二节 氨基酸序列的进化演变;P-distance;PC：泊松校正;PC：泊松校正 (2);P-距离 vs. 泊松距离;Г距离;Г距离 (2);Г距离 (3)
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