白质分子构象研究方式.ppt

（三）蛋白质晶体的初步鉴定和挑选 1、刮擦法 2、脱水法 3、染色法 4、偏振光法 5、密度差法 适合X射线衍射的蛋白质晶体大小：0.2～0.5 mm a. 采用石英毛细管安装晶体；b. 低温数据收集时的晶体安装 蛋白质空间结构解析总结 抹香鲸肌红蛋白三维结构的x射线衍射研究 X射线衍射图 血红素部分的电子密度图 抹香鲸肌红蛋白三维结构的x 射线衍射研究 血红素结构与电子密度图的吻合 肌红蛋白中的血红素 肌红蛋白分子中部分肽链的电子密度图 布拉格方程 晶体是由（hkl）晶面堆垛而成的，即一系列平行等距原子面层层叠合而成。 干涉加强的条件是：晶体中任意两相邻原子面上的原子散射波在原子面反射方向的光程差为波长的整数倍。 即：△= nλ n=1，2，3，… 晶体的三维光栅 Three-dimensional “diffraction grating” x-ray作用于单原子面上 任意两相邻原子的 散射波在原子面反射 方向上的光程差为： R = 0 一个原子面对x-ray的衍射可以在形式上看成原子面对入射线的“反射”。 x-ray作用于多原子面上 经两相邻原子面反射的反射波光程差： R = 2d sinθ 布拉格方程 干涉加强条件（布拉格方程）为： 式中：n —整数，“反射”级数（衍射级数）一组（hkl）随n值的不同，可产生n个不同方向的反射线。 θ—布拉格角（入射线与晶面）半衍射角 布拉格方程的讨论1 反映了衍射方向与晶体结构的关系，说明了衍射所必备的条件。（表达了：反射线空间方位、反射晶面间距、入射线方位、入射波长之间的相互关系） x-ray在晶体中产生衍射，其θ、d、λ必须满足布拉格方程。 布拉格方程与光学反射定律合在一起称为布拉格定律，或x-ray“反射”定律。 布拉格方程的讨论2 x-ray在晶面“反射”与可见光镜面反射比较： 相同点： ① 两角相等 ② 三线共面 不同点： ① 可见光反射仅限于物体表面； x-ray不仅在表面而且能进入晶体内部。 ② 可见光以任意角度入射都可进行反射； x-ray只有特殊角度才能进行反射，称为x-ray的“选择反射”。 布拉格方程的讨论3 产生衍射的极限条件： 波长：sinθ= ≤ 1 λ≤2d 晶面数：d ≥ 衍射级数： X射线衍射仪的基本结构 x射线衍射图 2θ On the interface In the paste 小 结 利用x-ray研究晶体结构问题，主要是通过x-ray在晶体中产生的衍射现象。 x-ray在晶体中的衍射，实质是大量原子散射波干涉的结果，每种晶体所产生的衍射花样都反映出晶体内部的原子分布规律。 x-ray衍射理论要解决的中心问题：在衍射现象和晶体结构之间建立起定性和定量的关系。 衍射线在空间的分布 晶胞的大小、形状和位向 衍射线束的强度 原子的种类及在晶胞中的位置 布拉格定律反映前者，衍射强度理论解决后者。 二、X射线衍射技术的在结构生 物学中的应用举例 1、DNA双螺旋结构的发现 DNA晶体X射线衍射花样 34埃 20埃 亮度一致 亮度不一 小沟 大沟 James Watson Francis Crick Maurice Wilkins Rosalind Franklin 1957年,John Kendrew——肌红蛋白 2、X射线晶体学全解析的第一个蛋白质 结构－－肌红蛋白 一条多肽链+一个辅基多肽链：由153个氨基酸残基组成 分子量：16700 肌红蛋白晶体化及衍射实验 (NH4)2SO4 数日后 肌红蛋白缓冲液 3M (NH4)2SO4 pH7肌红蛋白溶液 肌红蛋白晶体 肌红蛋白晶体X射线衍射花样 肌红蛋白电子密度图(部分) 低解析度肌红蛋白模型 高解析度下的肌红蛋白模型 三、蛋白质分子的晶体培养及解析 CD谱一般在两个区域： ① 远紫外区： 190 ~225nm附近为肽基 的吸收，因此远紫外区CD谱 呈现的是肽骨架的构象。 ② 近紫外区： 与aa侧链的构象有关。 在不同情况下，-S-S-，Trp ， Tyr，Phe等会出现不同的峰形， 可灵敏的反映出蛋白质的细微构象变化。 coil ?-sheet 215 ?-helix 209 222 λ(nm) ??? 0 多聚Lys的远紫外CD谱 核磁共振法 核磁共振（Nuclear