HK基因在癌症中的变化.pptVIP

结论： 1.在酵母中，UEHGs包含对应的同源基因分数最高。致病基因比UEHGs的分数小但是比其他基因大。在线虫中的顺序是相同的。因为酵母和线虫的进化远离人类，这个结果支持了UEHGs包含了更大分数的功能重要的基因比致病基因和其他基因。 2.酵母中的关键基因的同源基因的分数，UEHGs是最高的，然后是致病基因，其他基因。有条件的同源基因，每个组的关键基因的分数并不是严格按照这个顺序的。这一结论，在酵母中 * * 比在线虫中更加突出。因此，这一现象很有可能是由于人类和酵母之间的进化距离比较大造成的。否则，我们可以说给定的一个基因是高度保守的（如人类和酵母的同源基因），基因的关键性不再与所属的组密切相关。另外，结果表明高度保守的基因也包含大量的关键基因。 4.其他功能的比较： 对于模式生物，在蛋白质相互作用网络中，关键蛋白质往往和比较多的蛋白质相连。 * *  UEHGs，致病基因，其他基因的蛋白质物理连接度分布 * * * * 5.最后看基因保护和疾病的发病年龄之间的关系 不同疾病在不同的年龄显示出他们的症状。有些疾病在很小的年龄，而有些在年龄比较大时。 人们认为与早期发病相关的基因比晚期发病相关的基因受到的选择压力大。如果这是正确的，因为关键基因是重要的，它们的进化速率应该和早期的致病基因相似的，而不是晚期的基因。 为了证明这一点，我们根据致病年龄划分基因，并且比较KA/KS的比率。（如图6） * * 图六 * * 图六显示： 1.发病年龄变得比较的大时，进化速率往往要增加。发病年龄和Ka/Ks的相关系数是正的。 2.基于肉眼的观察，图六还显示UEHGs与早期疾病有关的基因有相似的Ka/Ks比率，而且其他基因与晚期疾病相关基因有相似的Ka/Ks比率。 3.但是，因为回归是在小组数量上实施的，而不是实际的发病年龄（不同发病年龄之间原来的线性关系可能有一定程度的歪曲），并且P_value只是通过了稍微严格的阈值。 4. 关键基因，致病基因和其他基因之间没有严格的分界线。 * * 三、讨论 以上所有的结论都支持 1.UEHGs自身形成独特的一组除了致病基因。 2. UEHGs可能包含很大比例的功能上关键的基因。 3.尽管UEHGs是一个好的人类关键基因的候选，但是无意声称是唯一的或者最好的代表人类关键基因的集合。因为这些基因需要处处表达，低表达或者是以某种组织特异性表达的关键基因将被排除。还以为，组织样本主要是从成年个体中收集，早期发育关键的基因也可能丢失。 * * 4.正如跨物种比较显示的，UEHGs可能没有覆盖许多关键基因并且这些基因可能仍然是其他基因。 5.与酵母，线虫和人类之间保守的基因的不同基因集合可能丢失许多在酵母和线虫中没有同源的关键基因。相反，UEHGs是所有关键基因比较无偏样本。UEHGs和保守基因的组合可能产生一个比较完整的人类候选基因集合。还有，研究中的致病基因集合主要是与孟德尔疾病相关的，但是对于复杂疾病代表性不足。 * * 1. UEHGs 对于检测组织数灵敏度的处理 与先前的HK基因的研究不同，我们定义 的UEHGs是几乎所有的检测的组织中表达 （不是完全所有）。由于基因表达的波动和 基因表达测量中的误差，随着越来越多的组 织被研究，越来越少的基因遵循在所有的组 织中表达。我们放宽条件，允许在一小部分 组织中确实表达，以便UEHGs的数量对于检 测的组织数量有比较低的灵敏度。 2. UEHGs对于不同标准的敏感性的处理 采用了表达水平的不同阈值。为了证明的结 果对于用来定义UEHGs的不同标准是不敏感 的，我们准备了另一个UEHGs集合，这个集 * * 合是把只要在79个组织中多于300个标准单元 表达的基因就定义为UEHGs。这样，2038个基 因是一组，并且1509个基因包含在原来的1789 个基因集合中。 比较UEHGs新的集合和致病基因，其他基因之间的进化速率。结果与先前期望的P_value中的微小变化几乎是同一的。这就表明我们的结果对于定义UEHGs的标准是不灵敏的。 3.先前的研究显示了HKG有很短的编码长度，但是致病基因往往有比较长的编码长度。我们用三种方法的比较来证明这一结果。（表三） * * 表三 因为UEHGs需要始终在所有的组织中表达，比其他基因的非转录区和内含子短是有好处的。但是，致病基因通常比其他基因的长的原因是不明显的。一种可能的解释是：许多致病基因的功能可能只是在某一长度的蛋白质中才能表达。 * * 4.一些疾病是一些致命疾病，并且与其相关的基因检测到是关键基因。 一些疾病有一些不太严重的影响和它们很难从非致病基因中区分。 因此，基因的关键性可能可以通