第八章 动物的分子标记及应用.pptVIP

同工酶与等位酶 同工酶 (isozyme)：生物体内具有同一底物专一性的不同分子形式的酶。 等位酶 (allozyme)：指同一基因座的不同等位基因所编码的一种酶的不同形式，其功能相同但氨基酸序列不同。由于所带电荷的差异，可通过电泳分离辨别。 RFLP标记的特点 遍布于整个基因组，数量几乎是无限的 结果稳定、可靠 呈共显性遗传，可区分纯合子和杂合子 大多数无表型效应，不受选择的影响 SNP的特点 数量多，分布于整个基因组; 大多表现为二等位基因（bialletic）多态性; 成共显性遗传，可区分纯合子和杂合子； 分析结果稳定性和重复性好； 检测方法简单。 SNP的检测方法 单链构象多态性（single strand conformational polymorphism，SSCP）凝胶电泳：未知SNP PCR-RFLP ：已知SNP的基因分型 DNA芯片技术：大规模已知SNP基因分型 直接测序法：未知SNP SNP的基因型 基因型（genotype） ：二倍体生物，除了性染色体外，每个染色体都有两份，个体所拥有的一对等位基因的类型称作基因型。 例如一个SNP（A/G），则个体在该位点的基因型为： 鉴定某个体的基因型，被称为基因分型（genotyping）。 SNP的单倍型 单倍型（haplotype）：也叫单体型，指位于染色体上某一区域的所有SNP等位基因的集合。 单倍型的理论数量：有n个SNPs，就有2n个单倍型； 但由于连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）的存在，相邻SNP的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代。因此，一条染色体上某一区域实际上只有少数几个单倍型。 连锁不平衡：指在某一群体中，同一条染色体不同座位上某两个等位基因同时遗传的概率明显高于预期的随机遗传的概率的现象。 LD存在，实际上只存在少数几个常见的单倍型： 标签SNPs（haplotype tag SNPs, htSNPs） QTL定位（QTL mapping） 是采用类似于单基因定位的方法，将QTL定位在遗传图谱上，确定QTL与遗传标记间的距离。 原理：当某一遗传标记与控制数量性状的基因位点紧密连锁，且位于同一条染色体上时，当遗传标记的密度足够大时，可通过性状关联分析检测出该遗传标记，从而对QTL进行定位。 DNA指纹（DNA fingerprint） 通过用限制性内切酶消化基因组取得不同大小的DNA片段，然后与特异的核心探针杂交经放射自显影可得到一系列类似手指指纹的谱带，称为DNA指纹图谱。 两个无亲缘关系的个体在同一位置上共有相同区带图谱的机率极低，所以DNA指纹图被认为是某一个体独有的。这种技术已广泛地应用于法医和亲子鉴定。 DNA fingerprint A B C D E DNA指纹产生的原因 卫星DNA （satellite DNA） 小卫星DNA （minisatellite DNA） 是一类高度重复序列，由短的序列重复多次，串联成长长的一大簇排列在染色体的着丝粒和端粒区域。 也叫不同数目的串联重复（VNTR, variable number of tandem repeats），由 15-50bp的串联重复序列组成。不同个体基因组中的小卫星数目不同，小卫星核心重复序列数目也不同，所得DNA指纹图谱不一样。 小卫星DNA的检测 由于小卫星种类和数目不同导致的多态 微卫星DNA（microsatellite DNA） 又称简单重复序列（simple sequence repeats, SSRs）、短串连重复（short tandem repeats, STRs）。以2-6个短核苷酸序列（核心序列）为基本单位（常见CA重复），呈串连重复状散在分布于生物体整个基因组中 。 (CA)n, n=12 微卫星DNA标记的特点 分布广泛: 广泛分布于真核生物基因组的任何区域 高度多态: 多为复等位基因 等位基因与基因型检测方法简便：聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）电泳 引物的通用性: 微卫星侧翼序列的保守性以及物种 间某些染色体区段的共线性，使得从一个物种获得的引物可以应用于相关的分类群 呈共显性遗传: 能很好地区分纯合子与杂合子 是中性标记: 多数情况下，微卫星标记没有任何表型效应，因而多态性能随着自然选择而保留下来 微卫星DNA的检测 聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）检测 单核苷酸多态性 （ single nucleotide polymorphism，SNP） 指基因组DNA序列中单个核甘酸突变所引起的多态。多是双等位基因，且最小等位基因频率（minor allele frequency, MAF）在群体内不低于1%。 线粒体DNA（mtDNA)多态性 动物体