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带你走进神秘的长链非编码 RNA 长链非编码 RNA(lncRNA) 是一类转录本长度超过 200nt 的 RNA 分子，它们并不 编码蛋白，而是以 RNA 的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转 录后调控等）调控基因的表达水平。 lncRNA 起初被认为是基因组转录的“噪音” ，是 RNA 聚合酶 II 转录的副产物， 不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明， lncRNA 参与了 X 染色体沉默， 基因组印记以及染色质修饰， 转录激活， 转录干扰， 核内运输等多种重要的调控 过程， lncRNA 的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序 列中 4%~9%的序列产生的转录本是 lncRNA （相应的蛋白编码 RNA 的比例是 1%），虽然近年来关于 lncRNA 的研究进展迅猛，但是绝大部分的 lncRNA 的功 能仍然是不清楚的。 生物学功能 许多 lncRNA 都具有保守的二级结构，剪切形式以及亚细胞定位，这种保守性和 特异性表明它们是具有功能的。 但 lncRNA 的功能相对于 microRNA 和蛋白质的 功能来说更加难以确定，因为目前并不能仅根据序列或者结构来推测它们的功 能。根据它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置， 可以将其分为 (1) sense, (2) antisense, (3) bidirectional, (4) intronic, (5) intergenic这 5 种类型。这种位置关系对 于推测 lncRNA 的功能有很大帮助。 .. 图 1. 根据 lncRNA 在基因组上的位置， 可将其分为 5 种类型：1. sense, 2. antisense, 3. bidirectional, 4. intronic, 5. intergenic 。图中编码 RNA 和非编码 RNA 外显子分 本别用蓝色和红色表示。 近年来通过对已发现的 lncRNA 的研究表明， lncRNA 能够在多种层面调控基因 的表达水平，其调控机制开始为人们所揭示（图 2 ）。 图 2. lncRNA 的作用机制。根据今年来所发现的 lncRNA 的作用机制， lncRNA 主要可能具有以下几个方面的功能： 1）通过在蛋白编码基因上游启动子区 （桔） 发生转录，干扰下游基因（蓝）的表达（如酵母中的 SER3 基因）。2 ）通过抑制 RNA 聚合酶 II 或者介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因（蓝）表达 （如小鼠中的 p15AS）。3 ）通过与蛋白编码基因的转录本形成互补双链（紫） ， 进而干扰 mRNA 的剪切，从而产生不同的剪切形式。 4）通过与蛋白编码基因的 .. 转录本形成互补双链（紫） ，进一步在 Dicer 酶作用下产生内源性的 siRNA ，调 控基因的表达水平。 5 ）通过结合到特定蛋白质上， lncRNA 转录本（绿）能够调 节相应蛋白的活性。 6 ）作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体。 7 ）通过 结合到特定蛋白上，改变该蛋白的胞质定位。 8 ）作为小分子 RNA ，如 miRNA ， piRNA 的前体分子转录（ Jeremy E. Wilusz et al, 2009, Genes Dev.）。 一般来说， lncRNA 主要从以下三种层面实现对基因表达的调控： 1. 表观遗传学调控 lncRNA 招募染色质重构复合体到特定位点进而介导相关基因的表