功能基因的序列比对方法.pdfVIP

. 功能基因的序列比对 1.切除载体和 (或 )引物 a.打开所有的原始引物序列于一个 EditSeq 的窗口中 b. export all as one c.保存 d.打开这个保存的文件，开始切除载体和引物 e.选择载体插入点两侧的序列 (10-15 个的样子 )搜索 注意：不存在正反向的问题，都是一个 word 资料 . 方向，因为测序的时候是选择两个载体上的引物其中的一条来往后测序的！ 切完之后另存为 f. 重新打开这个文件，开始切除引物 方法同切载体，但是要注意正反向的问题。比如 mcrA 基因，其引物为 Forward: 5-GGTGGTGTMGGATTCACACARTAYGCWACAGC-3 Reverse: 5-TTCATTGCRTAGTTWGGRTAGTT-3 word 资料 . 先找 Forward 5 ’端，此时只找到的部分序列。切去 5’端。 然后再切这些切掉 5’端序列的 3’端的序列，此时其 3’端序列应该是 Reverse 的反向互补序列。 切去这个反向互补序列，这样一来这个些序列就已经被切去两端的引物了。 但此时还剩下另一部分未切除任何引物的序列， 此时记下这些序列的编号， 先切去 Reverse 5 ’ 端。 word 资料 . 再用 Forward 的反向互补序列切去 3’端，这样剩下的序列也都被切除两端的引物了。 2将所有序列调整为同向序列： a. 选择前面记录编号的序列，将这些序列一个个都转换为其反向互补序列。这样一来所有 的序列都成为同向序列了，即在 DNA 两条反向互补链的其中一条上的比较了。 word 资料 . b. 保存该文件 3 生成 OTUs Google 搜索 ” Fastgroup II ” 或 /fg_tools.htm word 资料 . (Online grouping-- 注意勾选的选项 ) Choose method 里面相似度可以选 97%或 98% 提交之后出现的窗口如 word 资料 . 可以看到被分为了 10 个 OUT 每个 OUT 都自动选择了一个代表序列。 全选将其复制到 word 中，备用。并把其中的那些代表序列都复制下来粘贴到 TXT保存。 4 寻找嵌合体 : 一般是对 16S rRNA 来说的 两个网站： /FindChimerasOutputs.html (或搜 decipher chimera) .au/bellerophon/bellerophon.pl (或搜 bellerophon chimera