真双子叶基部类群十种植物的CHS基因家族成员分析.docVIP

云 南 植 物 研 究 2006, 28(4:352~358 Acta Botanica Yunnanica 真双子叶基部类群十种植物的 CHS 基因家族成员分析 杨俊波 , 杨汉奇 , 李德铢 , 李洪涛 (中国科 学院 昆明植 物研 究所生 物多样 性和 生物地 理学 重点实 验室 , 云南 昆 明 650204 摘要 :用 PCR 方法从目前极少被报道的真双子叶基部类群 10种植物的总 D NA 中扩增出 CHS 基因外显 子 2的部分序列进行分析 , 经克隆后 测序 , 共得 到 26个 不同的 片段。分析表明 , 所有序 列具有较高 的同源性 (70% , 每种植物有 2~4个不同的拷贝 , 在金鱼藻中发现有一个拷贝 (CedeCHS 3 含有一段长 29个碱基 的缺失 , 可能已失去了该基因的功能 , 而来自银桦的 GrroCHS 8拷贝具有较多活性位点的变异 , 可能具有了新 的功能。在对碱基含量的分析中表明 , 只有来自雀舌黄杨的序列有 一定的 GC 偏好 , 特别是第三位的 GC 含 量达 70%以上。用贝叶斯法、最大简约 法和邻接法 构建的 CHS 基 因的分子系 统树均由 3个主要分 支构成 , 其中一个分支由来自金鱼藻的 4个序列聚在一起构成了 subfamily Ⅱ , 来自昆栏树的 2个序列聚在一起网接于 subfamily Ⅲ中 ; 来自独叶草的 3个序列分散于同一亚家族 (subfamily Ⅰ 的不同分支中 ; 而多数种的序列分散 在相距较远的两个分支中 , 构成了两个主要的亚家族 subfamily Ⅰ 、 subfamily Ⅲ。从 所建分 子系统 树看真 双子 叶基部类群植物的 CHS 基因家族成员来源于该类群形成前的两个祖先拷贝 , 在不同植物这两个祖先拷贝经 历了不同的进化过程 , 这些进化上的差异可能与不同植物的生活习性及生存环境的多样性相关。 关键词 :真双子叶基部类群 ; 查尔酮合酶基因家族 ; 进化 ; 重复 中图分类号 :Q 945文献标识码 :A 文章编号 :0253-2700(200604-352-07 An Analysis of CHS Gene Family for Some Basal Eudicots * YANG Jun -Bo , YANG Han -Qi , LI De -Zhu **, LI Hong -Tao (Laboratory of Biodiversity and Biogeography , Kunming Institute of Botany , Chinese Academy of Sciences , Kunming 650204, China Abstract :Partial sequences of chalcone synthase (CHS gene exon 2were amplified by PCR method from genomic DNA of 10species of the basal eudicots . After cloning and sequencing , 26seqences were obtained . There were two to four copies of CHS gene family among various plants . All of sequences showed a similarity higher than 70%at the nucleotide level . A 29-base deletion was found in a copy (CedeCHS 3 in Ceratophyllum demer sum , which indicated that the func -tion of the CHS enzyme in this species was lost . GrroCHS 8, a copy from G revillea robusta , had many mutations at active sites , implying the new function may be devoloped in this copy . The result of analy zing the base content revealed that only the sequences fro m Buxus bobinieri have GC bias , especially at the third base of codes , and the GC content is m ore than 70%. All of molecul