生物信息学7数据库查寻.pptVIP

第四章数据库的查寻 数据库查询 分子生物学数据库的应用可以分为两个主要方 面,即数据库查询( database query)和数据库搜 索( database search)。数据厍查询和数据库搜索 是分子生物信息学中两个常用术语 所谓数据库查询,是指对序列、结构以 及各种二次数据库中的注释信息进行关键 词匹配查找。 例如,对蛋白质序列数据库 Swiss Prot输 入关键词 Insulin(胰岛素),即可找出该数据 斥所有胰岛素或与胰岛素有关的序列条目 ( Entry)。数据库査询有吋也称数据库检索, 它和互联网上通过搜索引擎( Search engine)查找需要的信息是一个概念 数据库査询、数据库检索和数据库搜索这三个 词经常混用。其实,数据库搜索在分子生物信息 学中有特定含义,它是指通过特定的序列相似性 比对算法,找出核酸或蛋白质序列数据库中与检 测序列具有一定程度相似性的序列 例如,给定一个胰岛素序列,通过数据库搜索, 可以在蛋白质序列数据库 SwissProt中找出与该 检测序列( query sequence)具有一定相似性的序 列 在生物信息学中,数据库搜索是专门针对核 酸和蛋白质序列数据库而言,其搜索的对象, 不是数据库的注释信息,而是序列信息 显然,数据库查询和数据库搜索在生物信息 学中是两个完全不同的概念,它们所要解决的 问题、所采用的方法和得到的结