进化树构建的方法.pptVIP

Neogene 提供领先的基因组学解决方案 O诺禾致源 ealing Edge Genomic Services a a Solutions 进化树构建方法 邢鹏伟 201811 N coger a Rooted tree b Unrooted tree 先的基因组学解决方案 诺禾 a Solutions archaea 内节点(灭绝物种) 外节点(现存物种 分子钟置根法:如果在所有时间内进化速率是恒定的,即假定存在分子钟 产生有根树的条件: 外类群置根法:在树重建中引入关系较远的物种同时在对所有物种重建的无根树中, 将树根置于连接外类群的枝,使得内类群的子树有根 Neogene 提供领先的基因组学解决方案 O诺禾致源 ealing Edge Genomic Services a a Solutions Neighbour joining 基于距离 distance-based 最小二乘法 Least squares 非加权算数平均组对 UPGMA法 构树方法 最大简约 基于特征 character-based最大似然 距离计算 两条序列间的距离被定义为平均每个位点核苷酸置换的期望数。 例:如果进化率是恒定的,距离将随分歧时间线性增长。一种简化的距离测 度就是差异位点比例,有时称为p距离。如果同为100个核苷酸长度的 两条序列间有10个位点差异,则p=10%=01 由于存在