口腔鳞状细胞癌预后相关基因标志物的生物信息学分析.pdfVIP

山西医科大学硕士学位论文 目录 中文摘要 Ⅰ 英文摘要 VII 常用缩写词中英文对照表 IX 前 言 1 第一部分 口腔鳞状细胞癌预后相关基因标志物的生物信息学分析 3 1 材料与方法 3 1.1 研究背景 3 1.2 生物信息学数据库的介绍 4 1.3 差异基因的筛选 8 1.4 差异基因的生物信息学分析 8 2 结果 9 2.1 差异表达基因筛选结果 9 2.2 GO 和KEGG 富集结果 10 2.3 蛋白质互作网络图 12 2.4 核心基因的预后分析 14 3 讨论 15 4 结 论 19 参考文献 19 综 述 23 附 录 30 致 谢 30 个人简历 33 IV 山西医科大学硕士学位论文 口腔鳞状细胞癌预后相关基因标志物的生物信息学分析 摘 要 目的: 本课题利用基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus ，GEO ）中的基因芯 片识别口腔鳞状细胞癌组织与癌旁组织显著差异表达的基因，以获得新的生物标志物 或潜在口腔鳞状细胞癌治疗靶点。 方法: 通过公用数据库GEO 提供的在线分析工具GEO2R 对GSE23558、GSE37991 和 GSE138206 的基因表达谱进行分析。在每个GEO 数据集中筛选差异表达基因后，在 口腔鳞状细胞癌组织中获得212 个差异表达基因。利用京都基因与基因组百科全书和 基因本体论进行富集分析，探讨上述差异表达基因的生物学功能和参与的信号通路。 构建蛋白-蛋白相互作用网络后将数据导入 Cytoscape 软件寻找核心基因并将其可视 化。从Kaplan Meier-plotter 数据库中分析核心基因与头颈部鳞状细胞癌患者相应的总 体生存信息。最终利用GEPIA 数据库对与生存率密切相关的候选基因表达进行验证。 结果: 通过上述方法，我们成功筛选出2 12 个差异表达基因，与癌旁组织相比口腔鳞状 细胞癌中表达上调的基因为74 个，表达下调的基因为138 个。核心基因16 个，其中 与口腔鳞状细胞癌预后密切相关的基因有6 个，分别为极光激酶A (Aurora kinase A, AURKA) 、极光激酶（Aurora kinase B ,AURKB) 、细胞凋亡抑制因子5 （baculoviral IAP repeat containing 5 ，BIRC5 ）、细胞分裂周期蛋白6 （cell division cycle 6, Cdc6 ）、E2F 转录因子7 （E2F7 ）、泛素样含PHD 和环指域蛋白1 （ubiquitin-like with PHD and RING finger domains 1 ，UHRF1 ），P 0.05 。 V 山西医科大学硕士学位论文 结论: 本课题通过生物信息学分析 mRNA 基因表达谱，获得口腔鳞状细胞癌与癌旁组 织间的差异表达基因。筛选并分析了其中6 个核心基因的预后特征，有望成为口腔鳞 状细胞癌潜在预后标志物，并可能为肿瘤的治疗提供潜在的靶点。当然，我们还需要 进一步的实验来验证我们的结论。 关键词：口腔鳞状细胞癌；生物信息学；生物学标志物；差异表达基因；基因芯片 VI 山西医科大学硕士学位论文 Identification of potential genetic markers in oral squamous cell carcinoma prognosis by bioinformatic analysis