Paenibacillus polymyxa SC2中yogA基因功能的研究.pdfVIP

符 号 说 明 ABA: Abscisic acid, 脱落酸 ADH: Alcohol dehydrogenase, 醇脱氢酶 FADH: Form-aldehyde dehydrogenase, 甲醛脱氢酶 FDH: Formate dehydrogenase, 甲酸脱氢酶 IPTG: Isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside, 异丙基-β-D-硫代半乳糖苷 MCP: Methyl-accepting chemotaxis protein, 甲基受体趋化蛋白 MS: Mass spectrum, 质谱 NAD: Nicotinamide adenine dinucleotide, 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 NMR: Nuclear magnetic resonance, 核磁共振 NRPS: Nonribosomal peptide synthetase, 非核糖体肽合成酶 PGPR :Plant-growth-promoting rhizobacteria, 植物根际促生菌 PKS: Polyketide synthase, 聚酮合酶 X-gal: 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactoside, 5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷 目录 中文摘要I Abstract III 1 前言 1 1.1 多粘类芽孢杆菌概述 1 1.2 多粘类芽孢杆菌应用及其机理 1 1.2.1 多粘类芽孢杆菌在农业生产中的应用 2 1.2.2 多粘类芽孢杆菌在工业生产中的应用 3 1.2.3 多粘类芽孢杆菌在医疗医学中的应用 3 1.2.4 多粘类芽孢杆菌在其它领域的应用 4 1.3 多粘类芽孢杆菌SC2 5 1.4 醇脱氢酶概述 7 1.5 转录组学与代谢组学 9 1.5.1 转录组学 9 1.5.2 代谢组学 10 1.6 本研究的目的和意义 11 1.7 技术路线 11 2 材料与方法 13 2.1 材料 13 2.1.1 菌株和质粒 13 2.1.2 培养基 13 2.1.3 溶液 13 2.1.4 酶及生化试剂 14 2.1.5 仪器 14 2.1.6 引物 14 2.2 方法 15 2.2.1 生物信息学分析 15 2.2.2 基因组提取（试剂盒法） 16 2.2.3 质粒提取 16 2.2.4 DNA 浓度的测定 16 2.2.5 目的片段获取 17 2.2.6 目的片段与克隆载体的连接 18 2.2.7 阳性克隆筛选 18 2.2.8 yogA 基因敲除载体构建 19 2.2.9 yogA 基因超表达载体构建 20 2.2.10 敲除菌株、超表达菌株、超表达空质粒对照菌株构建 21 2.2.11 生长曲线测定 22 2.2.12 敲除菌株抑菌实验 23 2.2.13 酵母双杂交 23 2.2.14 RNA 提取及实时荧光定量PCR 验证 24 2.2.15 转录组测序 26 2.2.16 转录组学数据质量分析与生物信息学分析 27 2.2.17 代谢组分析 29 2.2.18 代谢组学数据库检索与生物信息学分析 30 2.2.19 转录组学与代谢组学联合分析 31 3 结果与分析 32 3.1 生物信息学分析结果 32 3.1.1 yogA 基因系统发育树 32 3.1.2 yogA 及表达产物参与代谢途径预测分析结果 32 3.1.3 蛋白序列及结构分析结果 33 3.2 目的片段扩增 34 3.3 敲除载体构建结果 35 3.4 超表达载体构建结果 36 3.5 载体转化SC2-M1 结果 37 3.6 敲除质粒在SC2-M1 中重组结果 38 3.7 生长曲线 39 3.8 敲除菌株抑菌实验结果 40 3.8.1 真菌抑菌实验结果 40 3.8.2 细菌抑菌实验结果 41 3.9 酵母双杂交验证结果 41 3.10 荧光定量PCR 验证结果 42 3.11 敲除菌株转录组分析结果 42 3.11.1 转录组测序质量控制 42 3.11.2 差异表达基因统计分析结果 44 3.11.3 差异基因聚类分析 49 3.11.4 GO 分析结果 50 3.11.5 KEGG 分析结果 51 3.12 代谢组分析结果 52