小麦成株期抗条锈病QTL定位.pdfVIP

符号说明 AFLP: Amplified fragment length polymorphism, 扩增片段长度多态性 RFLP : Restriction fragment length polymorphism , 限制性片段长度多态性 RAPD: Random amplified polymorphic DNA, 随机扩增多态性DNA SCAR: Sequence characterized amplified region, 序列特征化扩增区域 RGA: Resistance gene analogs, 抗病基因同源序列 SNP: Single nucleotide polymorphisms, 单核苷酸多态性 SSR: Simple sequence repeat, 简单重复序列 STS: Sequence-tagged site, 序列标记位点 Yr: Yellow rust, 条锈病 AS: All stage resistance, 全生育期抗性 AP: Adult plant resistance, 成株期抗性 AUDPC: Area under the disease progress curve, 病程曲线下面积 BC: Backcross, 回交 DH: Double haploid, 加倍单倍体 cM: Centimorgan, 厘摩尔 DNA: Deoxyribose nucleic acid, 脱氧核糖核酸 GBS: Genotyping by sequencing, 简化基因组测序 GWAS: Genome-wide association study, 全基因组关联分析 SMM: Single marker mapping, 单标记作图法 IM: Interval mapping, 区间作图法 MIM: Multiple interval mapping, 多区间作图 KASP: Kompetitive allele specific PCR, 竞争性定位基因PCR MT: Mutation type, 突变型 PCR: Polymerase chain reaction, 聚合酶链式反应 BSA: Bulked segregant analysis, 分群分析法 WT: Wild type, 野生型 目 录 中文摘要I 英文摘要 III 前 言 1 1.1 小麦条锈病的危害 1 1.2 小麦条锈菌及其生理小种 1 1.3 小麦条锈菌的发生规律 2 1.4 小麦条锈病的防治 2 1.5 小麦条锈病抗性的分类 3 1.6 小麦抗条锈病基因/QTL 定位 3 1.6.1 QTL 定位常用的分子标记 3 1.6.2 QTL 定位的方法 6 1.6.3 已定位的条锈病基因/QTL 9 1.7 本研究的目的与意义 14 2 材料与方法 15 2.1 试验材料 15 2.2 试验方法 15 2.2.1 苗期条锈病抗性鉴定 15 2.2.2 成株期条锈病抗性鉴定 16 2.2.3 组织DNA 的提取 17 2.2.4 组织RNA 的提取 17 2.2.5 GBS 基因分型 17 2.2.6 遗传图谱构建 18 2.2.7 QTL 作图 18 2.2.8 基于BSR-Seq 的QTL 定位 18 2.2.9 KASP 基因分型 20 3 结果与分析 22 3.1 苗期条锈病抗性鉴定 22 3.2 成株期条锈病抗性鉴定 22 3.2.1 亲本成株期条锈病抗性鉴定 22 3.2.2 群体成株期条锈病抗性鉴定 23 3.3 遗传图谱构建 25 3.4 QTL 作图 27 3.5 基于BSR-Seq 的QTL 定位分析 30 3.5.1 RNA-Seq 原始数据质控结果 30 3.5.2 序列比对分析结果 30 3.5.3 SNP 挖掘及目标基因连锁SNP 的确定 31 3.6 基于BSR-Seq 的显著区间内SNP 的验证 33 3.7 QYr.sdau-1BL 区间的精细定位 34 4 讨论 37 4.1 遗传连锁图谱的构建 37 4.2 三个可用的小麦成株期抗条锈病QTL 37 4.3 不同QTL 定位方法比较 38 4.4 已开发的KASP 标记在分子标记辅助选择育种中的应用 39 5 结论 40 参考文献 41