生姜根际促生菌的促生效应.pdfVIP

目录 中文摘要 1 Abstract3 1 引言6 1.1莒县生姜生产现状6 1.2 植物根际促生细菌6 1.2.1植物根际促生细菌概念6 1.2.2 植物根际促生细菌作用机制7 1.2.3植物根际促生细菌的应用7 1.3微生物肥料7 1.3.1概念7 1.3.2 微生物肥料分类8 1.4 微生物多样性9 1.4.1微生物多样性的重要性9 1.4.2 评估微生物多样性的技术9 1.5全基因组测序技术10 1.5.1概述10 1.5.2 基因组测序技术的发展11 1.5.3基因组数据分析12 1.6研究意义、研究内容和技术路线13 1.6.1研究意义13 1.6.2 研究内容13 1.6.3技术路线13 2 材料与方法 15 2.1试验菌株15 2.2 主要仪器和设备15 2.3主要药品试剂15 2.4 培养基17 2.5 菌株鉴定17 2.5.1菌株形态学观察17 2.5.2DNA 提取17 2.5.3 16SrDNA 序列PCR 扩增18 2.5.4 系统发育树构建19 2.6 菌株生理生化特征的测定19 2.7 菌株促生功能鉴定19 2.7.1细菌分泌IAA 定性测定 19 2.7.2 细菌产蛋白酶的鉴定19 2.7.3细菌产铁载体的鉴定19 2.7.4 细菌解磷能力鉴定19 2.8抗生素合成基因检测19 2.9盆栽实验20 2.9.1菌株准备20 2.9.2 菌株对姜苗的影响20 2.9.3 指标测定及方法21 2.10 大田实验21 2.10.1大田试验设计21 2.10.2 指标测定及方法22 2.11全基因组测序分析23 2.11.1实验流程23 2.11.2 信息分析流程23 2.12 培养基成分优化23 2.12.1 生长曲线测定23 2.12.2 碳源优化23 2.12.3氮源优化23 2.12.4 无机盐的优化24 2.12.5pH 值的优化24 3 结果与分析24 3.1菌株鉴定24 3.1.1菌株形态学观察24 3.1.2 系统发育树25 3.2 菌株生理生化特征26 3.3 菌株功能性代谢产物研究27 3.3.1生长素27 3.3.2 蛋白酶27 3.3.3解磷能力28 3.3.4 铁载体28 3.4 抗生素合成基因PCR 检测结果29 3.4.1Surfactin 合成基因29 3.4.2Fengycin 合成基因29 3.4.3其他抗生素合成基因30 3.5 菌剂生姜盆栽应用效果30 3.5.1菌剂对生姜农艺性状的影响30 3.5.2 菌剂对生姜生物量的影响33 3.5.3 菌剂对生姜叶片酶活的影响34 3.5.4 菌剂对生姜叶绿素的影响35 3.5.5 菌剂对细菌菌群多样性的影响37 3.5.5.1OTU 聚类37 3.5.5.2 土壤微生物丰富度与多样性评估37 3.5.5.3群落结构分析38 3.5.5.4 不同处理间细菌群落结构比较44 3.6大田试验45 3.6.1大田生姜幼苗期生长情况45 3.6.2 大田生姜生长期生长情况46 3.6.3 大田生姜成熟期生长情况47 3.6.4 大田生姜农艺性状48 3.6.5不同处理对生姜根际微生物多样性与群落结构的影响49 3.6.5.1OTU 聚类49 3.6.5.2 土壤微生物丰富度与多样性评估51 3.6.5.3群落结构分析52 3.6.5.4 不同处理间微生物群落结构比较57 3.7地衣芽孢杆菌LCDD6全基因组分析58 3.7.1地衣芽孢杆菌LCDD6基因组组分分析58 3.7.2 地衣芽孢杆菌LCDD6基因功能注释60 3.7.2.1蛋白编码基因的GO注释60 3.7.2.2 蛋白编码基因的KEGG注释61 3.7.2.3 蛋白编码基因的COG注释62 3.7.2.4 基因组圈图绘制62 3.7.3地衣芽孢杆菌LCDD6基因组功能预测分析63 3.7.3.1基因岛预测63 3.7.3.2 CAZy 64 碳水化合物相关酶 （ ）分析 3.7.3.3抗生素抗性 （CARD）分析65 3.7.3.4 前噬菌体序列分析65 3.7.3.5 次生代谢产物预测67 3.7.4 地衣芽孢杆菌LCDD6潜在促生基因分析69 3.7.4.1与生长素相关