系统生学的方法.pptVIP

生和青年教师讲的系统介绍系统生物学方法的设 程。目标是对有兴趣投入研究的听众,能够在本课 程后,迅速进入前沿课题。因此,课程内容穿插了 些最新的研究成果。 2)由于是方法,自然不是系统生物学的全面介绍, 既然是方法,当然又离不开应用的研究对象:生物 系统。因此本课程不能系统地研究生物系统,又必 须要点地介绍其中的内容,以便表现特定方法的作 用和方法系统的意义。这里特称词汇“方法系统” 其目的在于说明系统生物学方法不是各种实验、数 学和计算机方法的简单汇总,而是正在形成独特的 方法体系,这正是本课程的意义。  3)一个难点在于授课对象的专业既有理工科又荐 生物医学类,如何让听众在同一门课程中都能理鯀 方法以及获得需要的知识?为此,课程内容的自足 完备性是必须的,也是困难的。解决的方法是假设 听众具有普通大学微积分和高等代数的基础,甚至 医学院校的数学基础也基本够用。此外,必须的数 学与计算机的知识将在本课程中介绍。 4)同样的理由,数学建模与数据分析的专门知识将 在本课程中讲授,并重点讲授生物模型; 5)16次课不间断,期间王淑栋老师代课1、2次,1 月16日结束。  第一篇引言第1章什么是系统生物学 第2章系统生物学方法 第二篇生物学与数学的基础第3章分子细胞生物学基础 第4章分子生物学基础 第5章实验技术概论 第6章重要数学基础概述 第三篇生物系统模型与方法第7章数据整合方法与表示 第8章生物系统与生物过程 第9章代谢系统 第10章信号传导系统 第山1章正向基因网络建模 第12章逆向基因网络建模 第13章蛋白质组建模 第14章发育与进化模型 第15章细胞生物学仿真 第四篇数据库与工具软件第16章数据库与数据整合 第17章网络与常用软件  主要参考书: 系统生物学基础,北野宏明编,化学工业出版 社2007年;原著2001年,是世界上第一本系 统生物学教材; 系统生物学的理论、方法和应用, E Klipp等, 复旦大学出版社,207年,原著2005年。北野 作序  第一章什么是系统生物学 作为人类基因组计划的发起人之一,美国科学 家莱诺伊·胡德( Leroy Hood)也是系统生物学的组 学( omIcs)生物技术开创者之一。 依据H0od的定义:系统生物学是研究生物系统中所 有组成成分(基因、mRNA、蛋白质等)的构成, 以及在特定条件下这些组分间的相互关系的学科 也就是说,系统生物学不同于以往的实验生物 学仅关心个别的基因和蛋白质,它要研究所有 的基因、所有的蛋白质、组分间的所有相互关系。  正是在基因组学、蛋白质组学等新型大科学 展的基础上,孕育了系统生物学。反之,系统生物 学的诞生进一步提升了后基因组时代的生命科学研 究能力 正如胡德所说:“系统生物学将是21世纪 医学和生物学的核心驱动力” 胡德在1999年年底辞去了美国西雅图市华盛顿 大学的教职,与另外两名志同道合的科学家一起创 立了世界上第一个系统生物学研究所( Institute for Systems Biology  系统生物学的核心概念是系统 美国《科学》周刊登载了系统生物学专集。该专集 导论中的第一句话这样写道:“如果对当前流行的、 时髦的关键词进行一番分析,那么人们会发现, 系统’高居在排行榜上。” 正是要研究系统,所以必须使用整合的方法  A group of scientists were asked to describe bioinformatics Boirtermatie palm trae 的式 Bioinformatcs A% is like a tree trunk  第一节、系统生物学是生物学理论体系 1.归纳与分析 生命科学是人类最早研究的学科,从农业到 医学。但是早期是归纳为主的方法,研究农业技术 提高产量,医学归纳出生病与诊断、治疗的规律性 的方法,等等。 直到十六世纪末,显微镜的发现了使人们逐渐 意识到不同的生物都是由形形色色的细胞构成的, 生物是层次构成的。开始了分析(特别对层次)的 科学发展,直到二十世纪中叶的分子生物学,人类 不仅积累了丰富的归纳的生物事实,而且开始对积 累的海量数据的分析。  生物系统分层结构 群体水平(种群与生态) 个体水平: 细胞水平: 分水蛋白质图pNA