9生物信息学蛋白质组学.pptVIP

Primary Structure No. in UniProtKB 63 Amino Acid Structure 64 65 Amino Acid Structure 65 66 Amino Acid 66 67 Amino Acid 68 Amino Acid Structure 68 课 堂 内 容 一 . 蛋白质组学简介 二 . 质谱技术基础 三 . 质谱数据分析 四 . 蛋白质组数据库 31 32 32 Left: An LTQ mass spectrometer (image from University of Vermont) Right: A high-end Fourier Transform mass spectrometer (image from Pacific Northwest National Labs) 33 质谱技术 Mass Spectrometry: 一种检测带电荷分子的质量的技术。 是农药残留、石油成分、兴奋剂等应用非常广泛的检 测领域中的核心技术 蛋白质组学中是蛋白质鉴定的最主要技术 特点：应用广泛，蛋白质组学的质谱数据复杂、通量高、 规模大、分析难度高，更依赖于计算技术 34 质谱技术在蛋白质组学中的地位 1. 质谱技术是鉴定蛋白质的最主要技术 2. 质谱数据是蛋白质组学中最丰富的信息源 3. 质谱技术与蛋白质鉴定是蛋白质组计划中启动最早， 也是相对研究基础较强的方向 35 质谱仪的组成 36 质谱仪的组成与结构 37 Ionizer Sample + _ Mass Analyzer Detector ? MALDI ? Electro-Spray Ionization (ESI) ? Time-Of-Flight (TOF) ? Quadrapole ? Ion-Trap ? Electron Multiplier (EM) 质谱仪的三大构件 38 MALDI MALDI: Matrix-Assisted Laser Desorption and Ionization 39 Electrospray (ESI) 40 or the development of methods for identification and structure analyses of biological macromolecules or their development of soft desorption ionisation methods for mass spectrometric analyses of biological macromolecules NMR John B. Fenn Koichi Tanaka ESI MALDI b. 1959 b. 1917 2002 年诺贝尔化学奖 41 42 42 Time of Flight （ TOF ） 43 44 Quadrupole Mass Filter 44 45 Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry Analyst (2005) 130, 18 – 28 FT-ICR 45 46 FT-ICR-MS Analyst (2005) 130, 18 – 28 46 47 Orbitrap 47 z m k / ? ? w = oscillation frequency k = instrumental const. m/z = …. what we want! Orbitrap 48 Orbitrap 49 课 堂 内 容 一 . 蛋白质组学简介 二 . 质谱技术基础 三 . 质谱数据分析 四 . 蛋白质组数据库 50 51 51 Ion Trap (LCQ, LTQ) 52 53 53 一个应用示例 54 55 恐龙胶原蛋白的质谱图 55 第二个应用示例 56 第三个应用示例 57 Primary Structure No. in UniProtKB 58 一张串联质谱 59 What is a Protein ? 60 The Structure of Protein 61 Primary Structure in a Database 62 第 7 讲 蛋白质组学与生物信息学 生物信息学 课 堂 内 容 一 . 蛋白质组学简介 二 . 质谱技术基础 三 . 质谱数据分析 四 . 蛋白质组数据库 2 3 生物信息学 ? 高通量 ? 大规模 ? 自动化 ? 高复杂 ? 低通量 ? 小规模 ? 人手工 ? 较简单 3 四大组学 -omics 4 5 相同的基因，不同的蛋白 基因与蛋白 5 6