如何在CANOCO45中进行数据分析.pptVIP

沈会涛 2010 年 基于 CANOCO 的数据统计分析 Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO E-mail: shenhuitao80@126.com 1 ? 一 . 群落的排序 ? 二 . Canoco 软件简介 ? 三 . 数据分析 内容 2 一 . 群落的排序 ? 群落排序：就是把一个地区内所调查的群 落样地（物种），按照相似度来排定各样 地的位序，从而分析各样地（物种）之间 及其与环境之间的相互关系。 3 ? 排序的目的：通过排序把多维空间压缩成 低维空间，并且使降低维数引起的信息损 失尽量少，实体按其相似关系重新排列， 让人可以理解。同时，必须用统计手段来 检验排序轴到底是否真能代表环境因子的 梯度。 4 排序类别（ in CANOCO ） ? 间接排序（ Indirect Gradient Analysis ） ： 在特定的梯 度上（环境轴）上探讨物种的变化情况。 PCA （ Principal components analysis ） CA （ Correspondence analysis ） DCA （ Detrended Correspondence Analysis ） ? 直接排序（ Direct Gradient Analysis ） ： 寻求潜在的或 在间接的环境梯度来解释物种数据的变化。 RDA （ Redundance analysis ） CCA （ Canonical correspondence analysis ） DCCA （ Detrended Canonical Correspondence Analysis ） 5 梯度分析 间接排序 直接排序 RDA CCA PCA CA DCCA DCA 6 梯度分析 直接排序 单峰模型 线性模型 间接排序 直接排序 间接排序 RDA PCA CCA CA DCCA DCA 7 Canoco 简介 8 Ter Braak Canonical Community ordination Petr 9 参考资料与网站 ? Introduction on Canoco for windows ? Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO ? 普兰塔 ? 数量生态学 . 张金屯 著 10 软件模块 （ 1 ） CANOCO for Window 4.5 CANOCO 的核心。 CANOCO for Window 带有 比较全面的排序方法。其核心部分是基于线性模 型的 PCA 和 RDA ，基于单峰的模型的 CA ， DCA 和 CCA 。在这些基本排序方法基础上， CANOCO 也 可以做 CV A （典范变量分析）， PCoA （主坐标分 析）。但 NMDS 并没有被包括，因为的确用得很 少。 11 PCA CA DCA pPCA pCA pDCA RDA CCA DCCA pRDA pCCA pDCCA 不进入分析，但显示 主动 被动 12 （ 2 ） WCanoImp 这个程序的功能是 构建数据 。但这个程序 用法受到了 window 的剪贴板和电子表格文件的 限制。比如在 Excel2003 以前的版本，列数仅 有 256 列，这就意味着样方数或物种数不能两 个同时超过 256 个，否则需要分割。当然行数 宽松点，但不能超过 65536 行。如果你的数据 超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个 部分，经过 WCanoImp 转化后，再用 CanoMerge 程序拼接起来。 13 （ 3 ） CanoMerge ? 1) 首要的任务是连接两个或多个包含相同样方 但不同变量的数据文件。 ? 2) 可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔 的 ASCII （文本）文件。 ? 3) 最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物 种。 （ 4 ） CanoDraw for Windows 用来做排序图的程序。 14 分析流程 15 三 数据分析 ? 1. 数据的整理 物种数据 环境数据 列：采样点 列：采样点 行：生物数据 行：环境因子 注：数据（物种和环境数据）之间差别较大，如数 量级之间的差别，需进行 lg （ X+1 ）转换， pH 不需要进行 lg 转换。 16 ? 2. 操作步骤 a. 程序 →Canoco for Windows→WCanoImp ，在“ save in condensed format” 的选线前面打上对勾 ( 如图 ) 。 17 ? b. 打开“ CANOCO 数据 .xls” 选择要分析的数据 将要分析的数据（不要多选择空格）选